A rendszerváltást követően Magyarország fokozatosan próbált eltávolodni a szovjet-blokktól. 1991. április 1-jével megszűnt a blokk katonai szervezete, a Varsói Szerződés, majd június 28-án a KGST, a Kölcsönös Gazdasági Segítség Tanácsa. Az utolsó szovjet katona 1991. június 16-án hagyta el Magyarországot.

A két ország közötti barátságos viszony, fejlődő gazdasági rendszer a kilencvenes évek közepétől megtorpant. Elemzők szerint ennek főbb okai az 1998-as pénzügyi válság, a NATO keleti bővítése (Magyarországot 1997-ben hívták meg, és két évvel később csatlakozott a katonai szervezethez), valamint a délszláv helyzet alakulása.

Orbán Viktor első, 1998-ban megalakult kormánya folytatta a rendszerváltás oroszellenes retorikáját. A koszovói háború idején komoly diplomáciai botrányt okozott, hogy Magyarország vonakodott átengedni egy szerbeknek szánt orosz segélyszállítmányt. A konvojban ugyanis az ENSZ embargóban szereplő páncélozott katonai járművek is szerepeltek, amelyek később sem haladhattak át az országon.

Az 1998-99-es orosz gazdasági válság hatására olyan magyar cégek, mint a Rába, az Ikarusz vagy a Globus megszűntek, vagy exportjuk minimálisra csökkent.

A magyar-orosz kapcsolatokban 2001-től újabb fellendülés volt megfigyelhető. Az orosz gazdaság fizetőképességének javulásával egyre nagyobb szerepet kaptak a magyar építőipari vállalatok, a gyógyszeripar és az élelmiszer ipar szereplői.

A 2002-es magyarországi választásokat követően látványosan javult a két ország viszonya. 2002. decemberében - hét év után először - látogatott Medgyessy Péter személyében magyar miniszterelnök Moszkvába, majd utódja, Gyurcsány Ferenc is többször találkozott Vlagyimir Putyin orosz elnökkel.

2010-es választási győzelmét követően Orbán Viktor miniszterelnök meghirdette a keleti nyitás politikáját. Hosszas előkészület után összejött a magyar kormányfő és Vlagyimir Putyin tárgyalása, és bár látványos eredmény nem történt, a kényes ügyekről, mint például a MOL, vagy a Malév kérdése, elkezdtek beszélni.

2013. januárjában a két ország tárgyalásokat kezdett a paksi atomerőmű bővítéséről. Vlagyimir Putyin és Orbán Viktor egy évvel később, 2014. január 14-én állapodott meg a Paks II projektről. A két új blokk építését 80 %-ban orosz hitelből valósítja meg a Roszatom. A beruházás becsült összköltsége 3500 milliárd forint. Az első új blokk 2023-ra készülhet el.

A magyar miniszterelnök a mostani tárgyalásokon is megállapodásra készül: az idén lejáró gázszállítási szerződés meghosszabbítására. Moszkva hosszútávon gondolkodik a kérdésről, Varsónak például 2045-ig szóló konstrukciót javasolt.