A kormány rendelete alapján 2013 és 2016 között a Debreceni Egyetem, az Eötvös Loránd Tudományegyetem és a Szegedi Tudományegyetem viselheti a kiemelt felsőoktatási intézmény címet.

Az emberi erőforrások minisztere ugyanerre az időszakra kutatóegyetemmé minősítette a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetemet, a Debreceni Egyetemet, az Eötvös Loránd Tudományegyetemet, a Pécsi Tudományegyetemet, a Semmelweis Egyetemet és a Szegedi Tudományegyetemet, kijelölt 4 kutatókart és alkalmazott tudományok főiskolájának minősített 2 intézményt.