Kiss Ferenc 1954. június 27-én született Debrecenben. Felmenői közül többen muzsikáltak, így ő is korán kezébe vette a hegedűt. Családja az 1960-as évek közepén Budapestre költözött, itt végezte a középiskolát, a budai II. Rákóczi Ferenc Gimnáziumban érettségizett 1973-ban. Diplomát 1978-ban az Eötvös Loránd Tudományegyetem magyar-néprajz szakán szerzett, tanulmányai során mindvégig zenélt.

Érettségijének évében, 1973-ban rendezték meg az első mindenki számára nyitott táncházat Budapesten. A következő évben csatlakozott a Vízöntő együtteshez, akikkel mások mellett Novák Ferenc együttesét, a Bihari János Táncegyüttest is kísérték.

Húsz éven át muzsikált a Vízöntőben, közben 1975-től zenélt a szintén legendás Kolinda együttesben is, ahonnan hamarosan visszavezetett útja a Vízöntőhöz, amellyel Nyugat-Európában is nagy sikereket arattak.

A megnyíló piaci lehetőségekkel és a nyugati tapasztalatokkal élve 1992-ben létrehozta az első független magyar népzenei kiadót, az Etnofont. A kiadó népzenei és népzenéből táplálkozó kortárs és alternatív törekvések stúdiófelvételével, archiválásával, kiadásával és terjesztésével foglalkozik. Hiánypótló tevékenységével fontos közművelődési szerepet tölt be: a nemzetiségek és a határon túli magyar kisebbségek megismételhetetlen, archív felvételeit teszi közzé, sőt ma már könyvkiadással is foglalkozik.

Kiss Ferenc sokat járt népzenét gyűjteni a szívéhez közelálló Kárpátaljára, itteni gyűjtései során találkozott a még fennmaradt archaikus klezmer stílussal. Ezt az autentikus klezmerzenét igyekezett tovább vinni az 1998-ban megalapított Odessa Klezmer Band nevű zenekarával, amellyel egy közös lemezt készítettek.

Zeneszerzőként egyéni, markáns irányzatot képviselt, elsősorban a magyar folklór elemeit építette be egy új kompozíciós rendszerbe. A korszerű elektronika használata mellett nagyon fontos szerepet adott az akusztikus népi hangszereknek, a tradicionális játék- és díszítéstechnikáknak.

A társművészetekkel (tánc, színház, film) való szerves kapcsolata minden munkájában tetten érhető volt. Számos animációs- és mozifilmhez, színházi előadáshoz és kortárs táncszínházi koreográfiához komponált zenét. A parasztzene, a tradicionális előadásmódok, játék- és díszítéstechnikák alapos ismerete és egyedi, újszerű hangzások keresése jellemezte munkáit.

Élete meghatározó emlékeinek tartotta Cseh Tamással és Makovecz Imrével való találkozását. Cseh Tamás az Etnofon stúdiójában vette fel a Magyar katonadalok és énekek a 20. századból című CD-jét, és utolsó lemezeit itt rögzítette. Ezeken a felvételeken hegedűn és tekerőlanton Kiss Ferenc is közreműködött, s ő volt a producere az Eszembe jutottál - főhajtás Cseh Tamás előtt című emléklemeznek, amelyet a 2010-es Sziget fesztivál "nulladik napján" élőben is bemutattak.

Makovecz Imrével az 1992-es sevillai világkiállítás kapcsán találkoztak, miután Kiss Ferenc nyerte meg a magyar pavilon zenéjére a tervező, Makovecz által kiírt pályázatot. Az építész emléke előtt tiszteleg a 2014-ben Egely Kati rendezésében készült Világútján, hateha! című animációs film, amelynek Kiss Ferenc producere, írója és zeneszerzője volt, a zenész a hatvanadik születésnapján rendezett koncertjén Makovecz Imrének ajánlotta az alkotást.

2012-től haláláig a Makovecz Imre szellemiségét éltető, a határokon is átívelő Héttorony Fesztivál alapítója, illetve művészeti igazgatója volt; 2015-ben első ízben ő vehette át a Makovecz-díjat.

Kiss Ferenc főbb művei: a Vízöntő (1977, 1978), a Mélyvíz (1985), a Villanypásztor (1987), a Gitania Express (1990), a Best (1991), a Kárpátalja népzenéje (1991), A magyartölgy mítoszai (1992),a Vízöntő kor (1994), a Cigány passió (1995), a Romani Kris - Cigánytörvény (1998), a Nagyvárosi bujdosók (1999), A Héttorony hangjai (2001), a Szerelem hava (2005), a Szerelemajtók (2006) és a Pávaének (2007).

A Vízöntő és a Kolinda történetét megörökítő könyve, a Kötelékek 2021-ben jelent meg az Etnofon Kiadónál.

A gyerekeket a 2012-ben kiadott, saját szövegével és CD-melléklettel ellátott, Papó zenedéje című kiadvánnyal igyekezett bevezetni a népzene világába. Gyermekeknek szóló interaktív előadásai is a népi műveltség időtálló elemeire épültek.

Zenei sokszínűsége számos hangszer használatát követelte meg, így jött létre több mint száz hangszerből, többségében autentikus népi zeneszerszámokból álló hangszergyűjteménye.

2002-ben megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend Lovagkeresztjét, 2006-ban a Magyar Művészetért Alapítvány Bartók Béla emlékdíját, 2013-ban Prima díjjal tüntették ki a Magyar népművészet és közművelődés kategóriában, 2018-ban pedig Martin György-díjban részesült.