A második forduló lezajlott, de a hivatalos eredményhirdetést szombatra halasztották.
Ezúttal is külön-külön szavazott a képviselőház és a szenátus. A győzelemhez a két jelölt egyikének mindkét házban meg kellett volna szereznie a leadott voksok többségét. Ez azonban valószínűleg egyiküknek sem sikerült.
Václav Klaus a szenátusban, Jan Svejnar a képviselőházban kapott többséget, így mindketten továbbjutottak a harmadik fordulóba.