Nagy zivatarban kezdődött meg az 56 körös verseny, Hamilton megtartotta vezető pozícióját, az első kör végén a melbourne-i nyitóversenyen győztes brit Jenson Button (McLaren), az ausztrál Mark Webber (Red Bull), Alonso és Nico Rosberg (német, Mercedes) volt a sorrend mögötte. A harmadik helyről startoló, hétszeres világbajnok német Michael Schumacher (Mercedes) megpördült és visszaesett.

Az eső következtében alaposan felázott pálya miatt szinte az összes pilóta gumit cserélt, majd a hetedik körben beküldték a biztonsági autót.

A versenybíróság a futam kilencedik körében döntött úgy, hogy az irreális időjárás miatt időlegesen felfüggeszti a viadalt.

A kényszerszünet után a biztonsági autó a 13. kör végén hagyta el a pályát, a pilóták gumit cseréltek. A cserék után Button összekoccant az indiai Narain Karthikeyannal (HRT), megsérült a vezetőszárnya, ezért kénytelen volt újra bemenni a boxutcába, és visszaesett a 21. helyre.

Az újabb boxlátogatások után - jobb kerékcseréjének köszönhetően - Alonso került az élre.

A huszadik körben változatlanul a Renault-val kétszeres vb-győztes spanyol volt az élen, mögötte Perez, Hamilton, Rosberg és a világbajnoki címvédő német Sebastian Vettel (Red Bull) következett.

Féltávnál továbbra is Alonso vezetett, mögötte Perez, Hamilton, Vettel, Kimi Räikkönen és Webber haladt.
Alonso az élről a 41. körben cserélt harmadszor is kereket, majd Vettel, Hamilton és Perez, valamint a többiek is a boxutcában jártak.

Tíz körrel a leintés előtt változatlan volt a helyzet az élen, Perez egyre jobban megközelítette az első helyen robogó Alonsót.

A 48. körben Vettel összeütközött Karthikeyannel, az autó bal hátsó kereke defektes lett, kénytelen volt kimenni a boxutcába, így Alonso és Perez után Hamilton volt a harmadik.

A hajrában már nem változott a sorrend az élen. A venezuelai Pastor Maldonado, aki Melbourne-ben az utolsó pillanatokban esett ki a hatodik helyről, ezúttal - motorhiba miatt - a tizedik pozícióból csúszott le a 19-re.A Formzla-1-es Malajziai GP (56 kör, 310,408 km össztáv) első 10 helyén - vagyis pontszerzőként - végzettek sorrendje:

1. Fernando Alonso (spanyol, Ferrari) 2:44:51,812 ó (átlag: 112,969 km/ó)
2. Sergio Perez (mexikói, Sauber) 2,263 mp hátrány
3. Lewis Hamilton (brit, McLaren) 14,591 mp h.
4. Mark Webber (ausztrál, Red Bull) 17,688
5. Kimi Räikkönen (finn, Lotus) 29,456
6. Bruno Senna (brazil, Williams) 37,667
7. Paul di Resta (brit, Force India) 44,412
8. Jean-Eric Vergne (francia, Toro Rosso) 46,985
9. Nico Hülkenberg (német, Force India) 47,892
10. Michael Schumacher (német, Mercedes) 49,996

A pontversenyek állása a második futam után (még 18 van hátra):
pilóták:
1. Alonso 35 pont
2. Hamilton 30
3. Jenson Button (brit, McLaren) 25
4. Webber 24
5. Perez 22
6. Sebastian Vettel (német, Red Bull) 18
7. Räikkönen 16
8. Senna 8
9. Kobajasi Kanui (japán, Sauber) 8
10. di Resta 7
csapatok:
1. McLaren Mercedes 55
2. Red Bull 42
3. Ferrari 35
4. Sauber 30
5. Lotus 16
6. Force India 9

A következő futam: Kínai Nagydíj, április 15., Sanghaj