Az egyházmegye közlése szerint Dupre pénteken halt meg. Halálának okát nem közölték.

Az 1990-ben püspökké szentelt Thomas Dupre 2004 februárjában váratlanul távozott posztjáról, egészségi okokra hivatkozva, de olyan vádak közepette, amelyek szerint az 1970-es években egy plébánia lelkészeként két fiút megerőszakolt. Távozása nyomán legkevesebb tucatnyi, hasonlóan megvádolt püspök ügyében ült össze a nagyesküdtszék, s négyen közülük önként kérték felmentésüket a pápától.

Leleplezésükhöz a The Boston Globe című amerikai lap újságíróinak kitartó tényfeltáró munkája vezetett el.

A Dupre ellen emelt vádat később, elévülés miatt ejtették. Mintegy 200 ezer hívet számláló egykori egyházmegyéje azóta 12 millió dollár kártérítésről állapodott meg a papok szexuális visszaélésének többtucatnyi áldozatával.

Az 1960-as évek közepétől a 80-as évek elejéig húzódó pedofíliaesetek takargatására jellemző, hogy 2009-ben egy hasonló ügy férfi áldozata azt állította, hogy amikor a 80-as években gyerekként egy lelkész molesztálta őt, és Dupre, valamint Joseph Maguire akkori püspök is tudomást szerzett a lelkész üzelmeiről, az egyházi vezetők ennek ellenére megtartották a lelkészt az egyház szolgálatában.

Duprét, aki visszavonulása után egy marylandi katolikus pszichiátriai klinikán élt, a Vatikán utasítására 2006-ban kitaszították a papi rendből. A bostoni egyházmegye számos, gyermekek megrontásával vádolt papot küldött kezelésre ebbe a magánklinikába.