Tőkés István 1916. augusztus 8-án született Székelyföldön, a háromszéki Málnáson. Középiskolai tanulmányait a sepsiszentgyörgyi Székely Mikó Református Kollégiumban végezte, majd a Kolozsvári Református Teológiai Fakultáson szerzett lelkészi diplomát 1938-ban. Ezt követően Németországban és Svájcban tanult, majd Kolozsváron nyerte el a teológia doktora címet újszövetségi tudományokból.

Az Erdélyi Református Egyházkerületben Vásárhelyi János mellé püspöki titkárrá nevezték ki 1941-ben. 1946-tól 1973-ig az egyházkerület igazgatótanácsának tagja, 1952-ben az egyházkerület generális direktorává (közügyintézővé), 1974-től egyházkerületi főjegyzőjévé (püspökhelyettesévé) választották. A tisztséget 1983-ig töltötte be. 1973-tól 1983-as kényszernyugdíjazásáig a kolozsvári Protestáns Teológia professzoraként az újszövetségi tanszéken tanított. 1989-ben a kommunista állam nyomására egyházi felettesei eltiltották az egyházi szolgálattól.

A román nacionalista, kommunista rendszer legnehezebb időszakában védte egyháza és nemzete érdekeit. Emellett számtalan teológiai és egyháztörténeti tanulmányt és könyvet írt. Élete utolsó évéig alkotó munkát végzett. A romániai magyar református egyház élete 1944-1989 című könyve bővített kiadása, 2014-ben jelent meg. Egyházi és oktatói munkássága mellett nyolc gyermeket nevelt fel, 27 unokája és 13 dédunokája született.

2002-ben Károli Gáspár-díjjal, 2006-ban Pro Ecclesia díjjal tüntették ki, 2011-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend tisztikeresztjét, 2012-ben a Magyar Érdemrend középkeresztje a csillaggal kitüntetést kapta.

Tőkés István temetési istentiszteletét 2016. január 21-én, csütörtökön 13 órakor (közép-európai 12 óra) tartják a kolozsvári Farkas utcai református templomban, földi maradványait a Házsongárdi temetőben helyezik örök nyugalomra.