1452. március 10-én született az északkelet-spanyolországi Zaragozában, II. János navarrai és aragóniai király kisebbik fiaként. Féltestvére, a nála harminc évvel idősebb Károly herceg örökségét féltette Ferdinándtól, és még 1452-ben fegyverrel támadt apjára, de a polgárháborúban alulmaradt, s 1461-ben megmérgezték. II. János ekkor a kilencéves Ferdinándot tette meg kijelölt utódának, akit tizennegyedik életévének betöltésekor társuralkodóvá emeltek, 1468-ban Szicília királya lett.

A következő évben feleségül vette unokatestvérét, a másik nagy spanyol királyság, Kasztília kijelölt trónörökösét, Izabellát, házassági szerződésük mindkettejüknek egyenlő uralkodói jogokat biztosított. A házassághoz a kasztíliai trónon ülő IV. Henrik, Izabella féltestvére nem járult hozzá, a pápa azonban szentesítette a frigyet. IV. Henrik 1474-ben gyermektelenül halt meg, az ezt követő trónviszályból Izabella került ki győztesen. A két spanyol királyság 1479-ben hivatalosan is perszonálunióban egyesült, de mindkettő megőrizte politikai intézményrendszerét, parlamentjét és törvényeit.

Az uralkodópár hatalmának megszilárdítása érdekében támogatta a városokat, amelyek ellensúlyozták a nemesség erejét, s létrehozta az inkvizíciót, amelyet a mórok és a zsidók ellen használt fegyverül. Támogatták az egyház reformját, a világi klérus és a szerzetesrendek megújítását, a korona jogait azonban még a pápa által sem engedték korlátozni. Ferdinánd, aki hitbuzgóságáért kiérdemelte a Katolikus melléknevet, 1503-ban elfoglalta Nápolyt, és 1504-től annak is királya lett.

Uralkodásuk alatt értek véget az évszázados mór háborúk, fejeződött be a reconquista, azaz az Ibériai-félsziget visszahódítása a móroktól, az utolsó mohamedán erősség, Granada 1492-ben esett el. Az ágyúk szinte még el sem hallgattak, amikor a hitbuzgó királyi pár már ki is adta rendelkezését a zsidók kiűzéséről, aminek hosszú távon rendkívül súlyos következményei lettek. Ugyancsak 1492-ben indult útnak az Izabella támogatását élvező Kolumbusz Kristóf, aki egy új, addig elképzelhetetlenül gazdag földrészt fedezett fel, s Amerika nagy részét a spanyolok gyarmatosíthatták.

Ferdinándot minden cselekedetében politikai szempontok vezették, csak hatalmának megtartása és növelése érdekelte. A hála számára ismeretlen fogalom volt, habozás nélkül szegte meg ígéreteit, csapta be még saját híveit is. Izabella 1504-ben bekövetkezett halála után egyedül kormányzott, majd 1505-ben újra megnősült. Rokona, a navarrai Germana de Foix hiába szült 1509-ben egy fiút, az néhány órát élt csak. Ferdinánd élete végén három életben maradt lánya közül a legidősebbet, az 1479-ben született Õrült Johannát nevezte meg utódának. A hercegnőt dinasztikus okokból a Habsburg-házi I. Miksa német-római császár fia, Szép Fülöp vette el, ami végső soron azt eredményezte, hogy a spanyol trónt a Habsburgok szerezték meg.

Ferdinánd 1516. január 23-án halt meg, utóda Johanna és Fülöp fia, I. Károly lett, aki V. Károly néven német-római császár is volt, róla mondták, hogy "birodalmában soha nem nyugszik le a nap".