Lyonban született 1900. június 29-én, arisztokrata családban. A Képzőművészeti Főiskolán építészetet tanult, majd 1921-ben bevonult katonai szolgálatra, ahol repülős kiképzést kapott, ezzel gyerekkori vágya teljesült. Előbb az akkor francia gyarmat Marokkóban lett pilóta, később egy repülőezredben hadnagyként szolgált Párizs mellett. 1923-ban leszerelt, egy ideig hivatalnok, majd nem túl sikeres gépkocsiügynök volt, másfél év alatt mindössze egy teherautót tudott eladni.

A következő esztendőkben oroszlánrészt vállalt a polgári légiposta-szolgáltatás kiépítésében. 1927-ben az első francia légitársaság pilótája lett a Toulouse-Dakar vonalon, majd másfél évig a marokkói Cap Juby légitámaszpont parancsnokaként próbált közvetíteni a berber felkelők és a franciák között, több elfogott pilóta életét mentve meg. Ekkor már dolgozott A déli futárgép című regényén, amely végleges formájában 1928-ban jelent meg. Egy évvel később Buenos Airesbe utazott, ahol másfél évet töltött az Aeroposta Argentina igazgatójaként.

1931-ben feleségül vette Consuelo Suncint, egy argentin újságíró özvegyét, aki - egyes kritikusok szerint - A kis herceg rózsaszimbólumának ihletője volt. Ugyancsak 1931-ben jelent meg Éjszakai repülés című regénye, amely rögtön Fémina-díjat kapott, lefordították angolra, később film és opera is készült belőle.

Saint-Exupéry 1935-ben megkísérelte megdönteni a Párizs-Saigon légi út rekordját, gépe azonban lezuhant a Líbiai-sivatagban és ő társával öt napig bolyongott étlen-szomjan, mire rájuk találtak. Ebből az élményből született meg 1939-ben Az ember földje, amely elnyerte a Francia Akadémia Regény Nagydíját. 1936-ban Spanyolországba utazott, hogy tudósításokat írjon a polgárháborúról, s ekkor kezdte írni - befejezetlenül maradt - Citadella című művét, amely csak halála után jelent meg.

1939-ben, a második világháború kitörése után a negyvenéves író felderítő pilóta lett a francia légierőnél. Az összeomlás után Portugálián át kijutott az Egyesült Államokba, New Yorkban, majd egy ideig a kanadai, francia nyelvű Québecben élt. Ebben az időszakban két írása is megjelent; az első, a Levél egy túszhoz ahhoz a negyvenmillió emberhez szólt, akik a megszállás idején is Franciaországban maradtak. A másik a század talán legkedveltebb irodalmi meséje, "a gyermekeknek és felnőtteknek" szánt A kis herceg, amelyet az író maga illusztrált.

1943 márciusában ismét Észak-Afrikába ment, és - bár magát de Gaulle-ellenesnek mondta - csatlakozott a tábornok vezette szabad francia haderőhöz. 1944 után kora miatt nem engedték repülni, ő azonban minden követ megmozgatott a tilalom feloldása érdekében, még Roosevelt elnök fia is közbenjárt érdekében. Először csak öt felszállásra kapott engedélyt, majd még hármat kiharcolt. Nyolcadjára 1944. július 31-én reggel szállt fel Lightning P-38-as gépével Korzikáról, de többé nem tért vissza.

Gépének roncsait 2000 májusában találták meg a Marseille-hez közeli Riou szigeténél, 100 méter mélyen a Földközi-tengerben. Halálának körülményeit a mai napig legendák övezik: egyes feltételezések szerint öngyilkos lett, mások szerint rosszul lett és lezuhant, a legvalószínűbb, hogy lelőtték a németek - 2008-ban egy német háborús veterán, Horst Rippert azt állította, hogy ő lőtte le az író gépét.

2013-ban a marokkói Tarfayában, az író egykori szolgálati helyén nyílt Saint-Exupéry Múzeum, 2014 júniusában pedig a kelet-franciaországi Saint-Maurice-de-Remens-ban, a régi családi kastélyban rendeztek be múzeumot. Saint-Exupéry legnépszerűbb műve, A kis herceg több mint 220 nyelven és dialektusban jelent meg, 80 millió példánnyal és napjainkban is "a világ 50 legolvasottabb könyve" között szerepel.

Saint-Exupéry kalandos munkája, hivatása iránti rajongó szeretete bőséges élményanyagot nyújtott irodalmi műveihez. Számára az írás elsősorban saját élményeinek naplószerű rögzítését jelentette, megörökítését annak a különleges, átfogó nézőpontnak, amelyet a repülés nyújtott. Regényeiben, melyek főképp önvallomások és elvont reflexiók lejegyzései, nem követi a történetre épülő hagyományos regényírói módszereket. Írásai lazán egymásba kapcsolódó meditációk, amelyek a repülés adta szabadság élményét, a bajtársiasság tisztaságát, a nehézségek leküzdésének szépségét és a másokkal szembeni felelősséget méltatják.