A jármű 800 méter mélyen fekszik az Atlanti-óceánban, az argentínai Valdés-félszigettel egy vonalban, a parttól 400 kilométerre. A tengeralattjárót az argentin állam megbízásából a kutatásban szeptember óta részt vevő Ocean Infinity amerikai hajó szakemberei találták meg.

Megtalálása előtt két nappal volt eltűnésének első évfordulója, és a legénység hozzátartozói gyászszertartással emlékeztek az elhunytakra.

A megemlékezésen Mauricio Macri államfő fogadkozott, hogy addig kutatnak a San Juan tengeralattjáró után, amíg meg nem találják, és mindenképpen kiderítik elsüllyedésének okát.

A San Juan visszatérőben volt Mar del Plata-i támaszpontjára, amikor elvesztették vele a kapcsolatot. A kutatásban kezdetben 18 ország vett részt, de tavaly év végén felhagytak vele, az argentin haditengerészet egyedül folytatta a munkát, majd végül kibérelték a célra az Ocean Infinityt. Az amerikai cég az argentin álammal kötött megállapodása szerint 7,5 millió dollárt kap, ha megtalálja a tengeralattjárót. Már csak két nap volt hátra a határidőig, hogy az Ocean Infinity is felhagyjon a kutatással, amikor a hajó talált egy ismeretlen nagy tárgyat a tenger fenekén. Leengedték egy robot-tengeralattjárót, amelynek kameráin keresztül azonosítani tudták a San Juant.

A német gyártmányú dízel-elektromos tengeralattjárót a nyolcvanas évek közepén állították szolgálatba, majd 2008 és 2014 között felújították. A felújítás során áttervezték: félbevágták, és kicserélték a motorjait és az akkumulátorait. Szakértők szerint az áttervezés mindig kockázatos, ha különböző gyártók berendezéseit akarják beépíteni, és a kettévágást nagyon pontosan kell végezni, mert a legapróbb hiba rontani tudja a jármű biztonságosságát.

A San Juan eltűnése előtt a kapitány beszámolt arról, hogy probléma merült fel az egyik akkumulátorkamrában. Víz ömlött be a hajó légszívóján keresztül, miközben éppen zajlott az akkumulátorok töltése. A víz a szellőztetőrendszeren keresztül folyt be a hajóorrba, az ott lévő egyik akkumulátorrekeszbe, ahol a csatlakozókon rövidzárlatot és tüzet okozott, de azt eloltották. A probléma jelentése után kapott parancsot arra a kapitány, hogy térjen vissza a fővárostól 400 kilométerre délre lévő Mar del Plata-i támaszpontjára. Hogy később mi történt, azt még nem tudni, valószínűleg történt egy robbanás a járművön, amely az akkumulátorprobléma okozta hidrogénkoncentráció miatt következett be.