A búcsúztatásra zsúfolásig megtelt a Bazilika, több százan a főbejárat előtt elhelyezett kivetítőn követték a szertartást. Kozma Imre atya felravatalozott koporsója előtt tiszteletét fejezte ki Sulyok Tamás köztársasági elnök, a gyászmisén és a temetésen jelen volt Orbán Viktor miniszterelnök és a kormány számos tagja. A Magyar Máltai Szeretetszolgálat elnökének búcsúztatásán állami és egyházi vezetők, nagykövetek, cégvezetők, közéleti személyiségek, a Szuverén Máltai Lovagrend és a Betegápoló Irgalmasrend képviselői, karitatív szervezetek és templomi közösségek tagjai, önkéntesek, szociális és egészségügyi dolgozók mellett sok száz olyan ember is részt vett, akinek életében fontos eseménnyé vált, hogy valamikor Kozma Imre atyával találkozott.

A Szent István Bazilikában a szentély előtti térben felállított ravatalnál a gyászmise előtt százak járultak a koporsó elé, hogy személyesen vegyenek búcsút Kozma Imre atyától.

A gyászmisén mondott szentbeszédében Martos Levente Balázs esztergom-budapesti segédpüspök, a Máltai Lovagrend káplánja úgy fogalmazott: „Kozma Imre atya neve fogalom. Összekapcsolódott a rendszerváltás, a szabadság, a keresztény segítő szeretet fogalmaival. A mai napon többnyire olyanok vagyunk együtt, akik valamennyire személyesen is ismerhettük őt, vagy legalább a szándékaihoz, a műveihez, kezdeményezéseihez kapcsolódtunk. A gyásznak mindenképpen része, s talán gyógyító lehetősége is, hogy együtt felidézzük alakját, hogy elmondjuk egymásnak legszebb, legfontosabb élményeinket vele kapcsolatban.”

A segédpüspök a Zsoltárok könyvéből is idézett: „Tartsd meg szemem ragyogását, hogy ne jöjjön rám halálos álom” (Zsolt 13,4), majd ezzel folytatta: „Ami engem illet, ha rá gondolok, éppen a szemének különös ragyogása, arcának tisztasága ragad meg. Úgy képzelem, hogy az ilyen ragyogás azoknak adatik meg, akik következetesen és bátran élnek. Akik meggyőződéseiket tetté is alakítják, ahogy ezt éppen Imre atya a kereszténységről szívesen mondta újra meg újra: hogy ezt tenni kell, élni kell. A kereszténység nem elmélet, hanem olyan igazság, amely cselekvéssé válik, s úgy tárul fel igazán. Amikor azért fohászkodom: „Tartsd meg szemem ragyogását”, valójában azt kérem Istentől, ne engedje kiveszni, elfogyni belőlünk azt az eleven hitet, azt a hitből fakadó szeretetet és bátorságot, amely Imre atyában megvolt.”

Az esztergom-budapesti segédpüspök után Vecsei Miklós, a Magyar Máltai Szeretetszolgálat alelnöke búcsúzott Kozma Imre atyától, beszédében többek között pillanatképeket elevenített fel a Máltai Szeretetszolgálat elnökének pályafutásából: „Ha volna elég időnk, nagyon sok pillanatfelvételt tudnánk felidézni. A képeken láthatnánk Imre atyát a zugligeti templom előtt a keletnémet menekültek körében, a romániai forradalom alatt és után útnak indított segélyszállítmányokkal, a délszláv háború éveiben Vinkovciban és Eszéken a kórházból kimenekített sebesültekkel, vagy éppen az ostromlott Vukovárt körbezáró szerb hadsereg katonái között, miközben Raseta tábornokkal a városban maradt ötezer civil evakuálásáról egyeztet. Láthatnánk a szenvedő Kárpátalján és a magára hagyott Vajdaság utcáin emberekkel beszélgetve, vagy a Szigetköz égető kérdéseiről barátokkal értekezve. De láthatnánk hajléktalan emberekkel karácsonyt ünnepelve, cigány emberek panaszait hallgatva, az Irgalmasrendi Kórház kórtemeiben utolsó vígaszt nyújtva és sok-sok képen idős és fogyatékos emberek körében. Láthatnánk a Szent Péter Bazilikában Benedek pápát köszöntve vagy a Szent Márta Házban Ferenc pápával beszélgetve vagy az Országházban kitüntetés átvétele közben. És láthatnánk távoli földrészeken, Betlehemben palesztin orvosokkal tárgyalva, Srí Lankán a cunami után, Pakisztánban a földrengés túlélői között, afrikai nyomortelepeken épített, ivóvizet szolgáltató központoknál. Mi a közös ezekben a képekben? Az, ahogyan Imre atya jelen volt az emberek között. Nem idegenként. Nem segítőként. Nem hivatásos jóemberként. Aki találkozott Imre atyával, erősebb emberként élte tovább az életét. Mert az igazi jelenlét nyomot hagy. És ami talán még fontosabb: engedi, hogy nyomot hagyjon benne a sóvárgó világ.”

A szertartást követően a Szent István Bazilika altemplomának falában kialakított sírhelyen helyezték végső nyugalomra a Magyar Máltai Szeretetszolgálat alapító elnökét. A temetés után hosszú sort alkotva vonultak el sírja előtt a tőle búcsúzó emberek.