Frühling János középiskolai tanulmányait Magyarországon végezte, a budapesti II. Rákóczi Ferenc Gimnáziumban érettségizett. Orvosi tanulmányait Budapesten kezdte el, majd az első év elvégzése után, 1956-ban elhagyta az országot. Ausztriában folytatott orvosegyetemi tanulmányokat, orvosi diplomáját 1963-ban, Bécsben szerezte meg, majd Belgiumban vált a nukleáris medicina, a sugárterápia nemzetközileg elismert tekintélyévé. 1969-ben nevezték ki a Brüsszeli Szabadegyetemhez tartozó Jules Bordet onkológiai intézet izotóp-osztályának vezetőjévé, 1984-től 2002-ig, nyugdíjba vonulásáig pedig az intézet igazgatója volt.

A klinikai gyakorlat és kutatás mellett széles körű tudományszervező és oktatási tevékenységet folytatott.

1995 óta volt a Belga Királyi Orvostudományi Akadémia tagja, 2005 óta pedig az intézmény örökös, majd tiszteletbeli főtitkáraként tevékenykedett - az első külföldi születésű orvos volt, akit ezekre a tisztségekre megválasztottak. 2001 óta volt a Magyar Tudományos Akadémia külső tagja. Az Európai Unió több tagállamában is dolgozott vezető oktatási szakértőként, többek között részt vett a csernobili atombaleset egészségügyi következményeinek vizsgálatában.

Frühling János gondosan ápolta kapcsolatait Magyarországgal, számos magyar orvos számára biztosított ösztöndíjas tanulási lehetőséget, minden tőle telhető módon segítette a magyarországi rákkutatást, a korszerű képalkotó technikák elterjesztését, elnöke volt az MTA Nyugati Magyar Tudományos Tanácsának, részt vett a magyar tudományos közélet vitáiban is.

Munkásságát választott hazájában és Magyarországon is számos kitüntetéssel ismerték el.

2012-ben, amikor 75 évesen saját "örökös" főtitkári tisztségének aktív gyakorlásáról is leköszönt, a 155 orvos-akadémikust tömörítő intézmény díszülésen búcsúztatta, és ezen megjelent Fabiola királyné, a korábbi uralkodó özvegye is. A belga orvosakadémia búcsúülése alkalmából az MTI-nek nyilatkozva Frühling János sajátos öttusaként összegezte pályafutását: klinikai gyógyítás, tudományos kutatás, oktatás, orvosigazgatói, végül kamarai és akadémiai orvosszervezési munka, mindig a lehető legteljesebb odaadással. A professzor összeszámolta: 1963-tól több mint 175 ezer beteggel volt kapcsolata.

A magyar államfő a Magyar Köztársaság Középkeresztjét adományozta Frühling Jánosnak, a kitüntetést 2004-ben Brüsszelben vette át az akadémikus.