Az engedélyek értelmében az Amflora nyomokban élelmiszerekben és más takarmányokban is előfordulhatott. Az engedélyeket Magyarország támadta meg a luxembourgi bíróságon, arra hivatkozva, hogy a génmódosított krumpli veszélyt jelent az emberek és állatok egészségére. A magyar álláspontot az ügyben Franciaország, Luxemburg, Ausztria és Lengyelország is támogatta.

A bírák ítéletükben azt állapították meg, hogy a bizottság súlyosan megsértette az engedélyezési eljárás szabályait, ezért a kiadott engedélyeket megsemmisítették.

A bizottság ismerteti, hogy a génmódosított organizmusok (GMO) környezetbe való kibocsátását az érintett tagállamban kell engedélyezni, csak akkor kerül uniós szintre a dolog, ha egy másik tagállam vagy a bizottság kifogást emel. A takarmányozási engedélyt viszont közvetlenül uniós szinten kell jóváhagyni.

Az uniós engedélyeztetési folyamatban az Európai Bizottságnak egy-egy bizottság véleményét kell kikérnie, amelyek az Európai Élelmiszerbiztonsági Hatóság (EFSA) szakvéleménye alapján döntenek. Ha a véleményező testület pozitív értékelést ad, az Európai Bizottság kiadja az engedélyt, ha negatívat vagy semmilyet, akkor a tagállamok szakminisztereiből álló tanács elé kerül a kérdés, akik minősített többséggel elutasíthatják az engedélyezést, de ha ez nem sikerül, az Európai Bizottság kiadja az engedélyt.

Mindez le is zajlott, az EFSA kedvező szakvéleményt adott, a véleményező bizottságok nem adtak választ az Európai Bizottságnak, amely így a tanács elé terjesztette a kérdést, ahol nem volt meg a minősített többség az engedélyek megvétózásához, így a bizottság kiadhatta volna az engedélyeket.

Mégsem ezt tette. Ehelyett ugyanis ismét az EFSA-hoz fordult, mert a különféle tudományos vélemények között ellentmondást látott, és ezek tisztázását kérte a hatóságtól. Az EFSA ezután újabb véleményt alkotott, amelyben ismét megállapította, hogy a GMO-krumpli nem veszélyes sem az egészségre, sem a környezetre. Az EFSA megállapításait, a hozzájuk csatolt különvéleményekkel együtt át is adta a bizottságnak, amely ez alapján kiadta az engedélyeket az Amflora forgalmazására és takarmányként való alkalmazására.

A bíróság szerint Brüsszel ott hibázott, hogy az EFSA új, második szakvéleményével ugyanúgy végig kellett volna járnia az engedélyezés meghatározott útját, véleményt kellett volna kérnie az illetékes bizottságoktól, annak hiányában pedig a tanácshoz kellett volna fordulnia. Csak akkor adhatta volna ki az engedélyt, ha azt a megismételt eljárásban sem tudja megakadályozni a tanács akkor, ha a véleményező testületek nem adnak pozitív véleményt.

"Az eljárás eredménye vagy a megtámadott határozatok tartalma lényegesen más lehetett volna, ha az Európai Bizottság tiszteletben tartotta volna e szabályokat" - döntött a bíróság.

Az Amflora keményítőburgonya, amit a BASF Plant Science nevű cég fejlesztett ki, a termék elsősorban papír, ragasztó és textil gyártásánál használható. A bizottság 2010-ben adta ki a két most megsemmisített engedélyt, amelyek értelmében az Amflora felhasználható takarmányként, valamint forgalomba hozható termelési és ipari célokra. Az Európai Bizottság információi szerint 2011 óta sehol sem termesztenek Amflorát az Európai Unió területén.