Angela Merkel Németország újraegyesítése idején, 1990-ben lépett be a pártba, és tíz év alatt a szervezet élére küzdötte fel magát. Az egykori NDK-ban felnőtt politikus nem a CDU-ban szocializálódott, félig-meddig kívülről érkezett az elnöki pozícióba a CDU-t 1999 végén megrendítő adománybotrány után, amelyben megégette magát a párt számos vezető alakja, köztük Helmut Kohl volt pártelnök-kancellár és Wolfgang Schäuble akkori pártelnök, jelenlegi pénzügyminiszter.

Az esseni pártkongresszus a szavazatok 95,9 százalékával választotta meg elnöknek 2000. április 10-én az akkor a főtitkári pozíciót betöltő Merkelt. Azóta sorozatban hétszer erősítették meg az elnöki tisztségben. Eddigi legjobb eredményét 2012-ben érte el, amikor a szavazatok 97,94 százalékát szerezte meg. Első megválasztása óta 5478 nap telt el. Ennél hosszabb ideig csak Konrad Adenauer (5632 nap) és Helmut Kohl (9279 nap) vezette a CDU-t.

Az évfordulós elemzések szerint Angela Merkel korszerűsítette és újrapozicionálta a pártot. A CDU így szakított olyan hagyományosan konzervatív nézetekkel, mint például a védelempolitikában a kötelező sorkatonai szolgálat fenntartásának szükségessége, az energiapolitikában az atomenergia alkalmazásának támogatása, vagy a "három K" elve a családpolitikában, amely a gyerekek-konyha-templom (Kinder, Küche, Kirche) háromszögben jelölte ki a nők helyét.

15 éve a CDU számos tekintélyes politikusa a "bevándorlók helyett gyerekeket" (Kinder statt Inder) elv mellett kardoskodott, jelenleg viszont a párt főtitkára, Peter Tauber új, átfogó bevándorlási törvény kidolgozását szorgalmazza, azt a meggyőződését hangsúlyozva, hogy Németországnak nem munkavállalókra van szüksége, akik egy ideig dolgoznak, majd a következő gazdasági válság idején továbbállnak, hanem olyan emberekre, akik "tudnak és akarnak tartósan felelősséget vállalni" az országért. CDU-s volt az első tartományi integráció-ügyi miniszter, az első bevándorló családból származó tartományi miniszter, és CDU-s politikus - Christian Wulff volt államfő - fogalmazta meg először a német politikai elit tagjai közül azt a gondolatot, hogy "az iszlám Németország része". Mindez Angela Merkel elnöksége idején történt.

A közvélemény-kutatási adatok a 2005 óta megszakítás nélkül hatalmon lévő párt vezetőjét igazolják. A CDU/CSU pártszövetség választói támogatottsága 40 százalék körül van, nagyjából 15 százalékpontos különbséggel vezet a második helyen álló szociáldemokraták (SPD) előtt. A német lakosság többsége elégedett a Merkel-kormány teljesítményével, és a kancellár tartósan a legnépszerűbb politikusok között van. Számottevő párton belüli ellenzéke, esetleges kihívója nincsen, és a jelenlegi helyzet alapján úgy tűnik, csak rajta múlik, hogy vállalja-e a megmérettetést a kancellári pozícióért a következő, 2017-es parlamenti (Bundestag-) választáson.