Belgrád a boszniai háborúban elkövetett háborús bűncselekménnyel vádolja a bosnyák politikust. Tizennyolc másik gyanúsítottal együtt őt tartják felelősnek azért, hogy 1992 májusában - a háború kitörése után - Szarajevóban megtámadták a Jugoszláv Néphadseregnek a városból kivonuló egységeit. A támadásban 42 katona meghalt, több mint 70 megsebesült. Ejup Ganic az 1990-es évek második felében, majd 2000-től 2001-ig volt a boszniai államelnökség tagja 12-12 hónapig.