Mint a hírlevélben olvasható, Szabó Lajos február 24-én történt rektori jelöléséről a tényfeltáró bizottságot nem értesítették, így a munkacsoport nem tudta megvizsgálni a jelölt esetleges állambiztonsági érintettségét.

Több mint két hónappal a rektorjelölés után, május 12-én jutott a bizottság tudomására, hogy előző nap az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltárából előkerült Szabó Lajos 6-os kartonja. Az irat szerint Szabó Lajos az állambiztonsági szervek nyilvántartásában mint hálózati személy - titkos megbízott - szerepel. Az új információról a bizottság még aznap tájékoztatta az egyház országos elnökségét.

Szabó Lajos egykori állambiztonsági kapcsolatát a Háló című kiadványsorozat - amely a tervek szerint nyolc-kilenc könyvből áll majd - ismerteti a jövőben. Eddig a sorozat "nulladik" kötete jelent meg, amely felvázolja az 1945 és 1990 közötti korszak kutatásának sajátosságait, és vizsgálja azt is, hogy a tényfeltárás mennyire befolyásolja egy-egy egyházközség jelenlegi közösségi életét.

Szabó Lajos május közepén közleményben ismerte el, hogy ügynökként tevékenykedett a Kádár-rendszerben.

A kinevezett rektor az evangelikus.hu honlapon olvasható írásában kitért arra, hogy 1984-től kapcsolatban állt a Belügyminisztérium titkosszolgálatával. Megjegyezte azt is, hogy rektori kinevezésének ez év május 18-i átvétele után az egyház kereste meg múltbéli tevékenységét illetően, erre reagálva írta közleményét.

Szabó Lajos 1984-ben hozott döntéséről azt írta: "sajnos úgy láttam, hogy a Lutheránus Világszövetség budapesti nagygyűlésének zökkenőmentes lebonyolítását, valamint a gyenesi ifjúsági konferenciák folyamatos és zavartalan megrendezését az akkori körülmények között minden eszközzel biztosítani kell, mivel ez a két rendezvény kiemelkedő jelentőséggel bír egyházunk életét és jövőjét illetően".

A rektor azt hangsúlyozta, hogy tudomása szerint ügynöki tevékenységével "sem személyeknek, sem egyházának" nem okozott kárt. "Ha akaratom ellenére ez mégis megtörtént, akkor azoktól, akiket megbántottam, valamint mindazoktól, akik számára ez a bejelentés csalódást és fájdalmat okoz, bocsánatot kérek" - tette hozzá.

Az akkori Oktatási és Kulturális Minisztériumban május 18-án adták át azt az okiratot, amely szerint Sólyom László köztársasági elnök Szabó Lajos egyetemi tanárt az augusztus 1-jétől 2014. július 31-ig terjedő időtartamra az Evangélikus Hittudományi Egyetem rektori feladatainak ellátásával bízza meg.

Az MEE Országos Presbitériuma május 28-án kérte ügynökmúltja ismertetését Szabó Lajostól. Az evangelikus.hu-n közzétett dokumentumban a testület kifejezte azt a kívánságát, hogy Szabó Lajos tájékoztassa a Kádár-rendszer belügyi szerveivel való kapcsolattartásáról az egyház öttagú tényfeltáró bizottságát.

A presbitérium egyúttal azt is kifejezésre juttatta, hogy Szabó Lajos további szakmai pályafutására vonatkozó döntését az érintett lelkiismeretére bízza.