A 2022. októberi elnökválasztást Bolsonaro elveszítette kihívójával, a 2023-ban hivatalba lépett Luis Inácio Lula da Silvával szemben.

A legfelsőbb bíróság által közzétett rendőrségi jelentések szerint Marco Antonio Freire Gomes, a hadsereg korábbi főparancsnoka azt állította: más vezető katonai tisztségviselőkkel együtt az elnökválasztás második fordulója után több olyan tanácskozáson is jelen volt, amelyen Bolsonaro lehetőségeket vázolt arra, milyen jogi eszközökkel lehetne befolyásolni a választási folyamatot. Freire Gomes elmondása szerint ő a kezdetektől elutasította az akkor hivatalban levő államfő elképzeléseit, és

arra intette Bolsonarót, hogy ilyen lépések miatt kénytelenek lennének őt őrizetbe venni, és jogi felelősségre vonásra számíthat.

Carlos de Almeida Baptista Júnior, a brazil légierő volt parancsnoka vallomásában azt mondta, véleménye szerint Freire Gomes határozott visszautasítása kulcsfontosságú szerepet játszott abban, hogy Bolsonaro végül elállt attól a tervétől, hogy befolyásolja a választási folyamatot.

"Ha a főparancsnok beleegyezett volna, akkor puccskísérletet hajtottak volna végre" - idézték a rendőrségi jelentésben a légierő volt vezetőjét.

A brazil ügyészség jelenleg is vizsgálja, hogy Bolsonaro milyen szerepet játszott a 2023. január 8-án történt zavargásokban, amelyek során egy héttel az új elnök, Luiz Inácio Lula da Silva beiktatása után a korábbi államfő több ezer szimpatizánsa megostromolta a kongresszus, az elnöki palota és a legfelsőbb bíróság fővárosi épületeit. Ez volt a legsúlyosabb támadás az ország demokratikus intézményei ellen 1985, a katonai diktatúra vége óta.

Bolsonaro tagadta, hogy puccsra készült volna híveivel. "Miben áll egy puccs? Tankok az utcákon, fegyverek, összeesküvés. Brazíliában semmi ilyesmi nem történt" - fogalmazott a volt államfő egy februári rendezvényen.

Bolsonarót két, hatalommal való visszaélés miatti ügyben már elítélték, emiatt 2030-ig nem indulhat újra az elnöki posztért, de ettől függetlenül máig a brazil belpolitika aktív szereplője.