A szicíliai Catania ügyészsége azt állította, hogy az Aquarius - és a Vos Prudence nevű hajó - nemcsak illegális bevándorlókat szállított a fedélzetén a Földközi-tengeren, hanem a szabályokat megszegve veszélyes hulladékot is partra tett Olaszországban: 2017 januárja és 2018 májusa között 44 esetben összesen 24 tonnát, és ezzel egészségügyi vészhelyzetet teremtett.

Az Orvosok Határok nélkül több munkatársa ellen nyomozás indult az ügyben. Az MSF és az SOS Mediterranée nevű szervezet által közösen üzemeltetett Aquariust de facto azonban nem foglalták le az olasz hatóságok, mert a hajó Marseille-ben vesztegelt, amikor elrendelték az intézkedést. Az MSF decemberben pedig bejelentette, hogy az Aquarius felhagy a mentéssel.

Olaszország a Liga és az Öt Csillag Mozgalom (M5S) koalíciós kormányának nyári megalakulása óta jelentősen szigorított menekültpolitikáján, és zéró toleranciát hirdetett azon migránsok befogadása ellen, akik többnyire Líbia felől hajóval, illegális úton akarják elérni az olasz partokat.