A magyar főtanszékek létrehozása az egyik sarkalatos pontja volt annak a megállapodásnak, amelyet 2012 szeptemberében a Ponta-kormány akkori tanügyminisztere is aláírt.

"A törvény egyértelműen kimondja, hogy a kisebbségi oktatási vonal (magyar tagozat) főtanszékekbe szerveződik. A törvény végrehajtását kértük. A szenátusi többség viszont arra hivatkozott, hogy ugyanannak a törvénynek egy másik cikkelye az egyetemi autonómia alapján a szenátus jogkörébe utalja a főtanszékek létrehozását" - világította meg a döntés hétterét Szilágyi Tibor. A rektorhelyettes hozzátette, a magyar tagozat álláspontja szerint semmilyen egyetemi autonómia nem jogosítja fel az egyetem vezetését arra, hogy a törvényt áthágja.

Amint Szilágyi Tibor felidézte, 2012 szeptemberében Victor Ponta miniszterelnök jelenlétében kezdődtek el a tárgyalások az egyetemen kialakult román-magyar szembenállás feloldásáról a magyar tagozat és az egyetem román vezetése között. Az Ecaterina Andronescu tanügyminiszter által is aláírt hétpontos megállapodás egyértelműen kimondta, hogy az újraakkreditálási folyamat lejárta után a szenátus dönt a magyar főtanszékek számáról. Hozzátette az akkreditációs bizottság honlapján decemberben jelent meg a magyar orvosi szak újraakkreditálására vonatkozó jelentés, így hát elérkezett az idő arra, hogy az egyetem vezetése beváltsa az ígéretét.

"Már a hétpontos megállapodás is annak a helyzetnek az áthidalására született, hogy az egyetem szenátusa nem volt hajlandó alkalmazni a tanügyi törvényt. Most már a megállapodást sem tartják be" - jelentette ki Szilágyi Tibor. Hozzátette, az egyetem magyar tagozata ezután dönti el, hogy miképpen reagáljon az önállóságát elodázó döntésre.

A MOGYE-n 2011-ben alakult ki éles konfliktus az egyetem román vezetése és magyar tagozata között amiatt, hogy az egyetem vezetése az intézményi autonómiára hivatkozva nem léptette életbe az új oktatási törvény magyar szempontból fontos előírásait. A konfliktus kezelési kísérlete 2012 májusában a jobboldali Ungureanu-kormány bukásához vezetett.