A 2019. december 31-éig szóló kinevezést az egyetemet fenntartó miniszterek az oktatásért felelős miniszterrel közösen terjesztik a köztársasági elnök elé. A rektori pályázatot az egyetem szenátusa is megvitatta.
Patyi András 2012. január 1-je óta vezeti az egyetemet, jelenlegi megbízatása ez év végén jár le.