A 2006. szeptember 18-án este a tévészékháznál, illetve a 2006. szeptember 19-21. között és október 23-án Budapest utcáin történtekkel összefüggésben 15 pontban emelt vádat a Központi Nyomozó Főügyészség Debreceni Regionális Osztálya.

Az ügyészség többnyire felfüggesztett szabadságvesztést, esetenként pénzbüntetést indítványozott, álláspontja szerint a parancsnokok bűnössége elsősorban intézkedések, illetve az eseményeket követő felelősségre vonások elmulasztása miatt állapítható meg.

Sajtóhírek szerint a büntetőperben több mint száz tanúra és több mint félszáz tárgyalásra lehet számítani, elsőfokú döntést egy év múlva hozhat a Fővárosi Törvényszék katonai tanácsa.