1929. november 9-én született Budapesten. Tizennégy éves volt, amikor 1944. június 30-án a Budapest környéki csendőrpuccs következményeképpen Auschwitzba, majd Buchenwaldba deportálták zsidó származása miatt. A lágerek felszabadítása után 1945-ben tért haza Magyarországra. Az érettségi vizsga letétele után, 1948-ban a Világosság, majd az Esti Budapest című lap munkatársa lett. 1951-ben gyári munkás, 1951-től 1953-ig a Kohó- és Gépipari Minisztérium sajtóosztályának munkatársa volt, azóta szabadfoglalkozású író, műfordító.

Kertész Imre negyven éven át egy apró garzonban - "önkéntes börtöncellájában" - élt feleségével, kenyerét az ötvenes évek végén, a hatvanas évek elején zenés komédiák és bulvárdarabok írásával kereste. 1960-ban kezdte írni első regényét, a Sorstalanságot, amelyen tizenhárom éven át dolgozott. Kertész műve holokauszt-történet, egy zsidó fiú elhurcoltatásának, lágerbeli hányattatásainak, életben maradásának, megtört élete folytathatóságának a könyve. Amikor a regény többéves várakozás után 1975-ben végre megjelenhetett, teljes csend fogadta - ezt az élményt fogalmazta meg az író a folytatásban, A kudarcban (1988). A trilógia harmadik része a Kaddis a meg nem született gyermekért (1990), amelyben újra megjelenik a főszereplő Köves György, és elmondja kaddisát (imáját) a gyerekért, akit nem hajlandó a világra nemzeni, arra a világra, amely megengedte Auschwitzot.

A trilógia, miként Kertész más prózai művei is (A nyomkereső. Detektívtörténet - kisregények, 1977; Az angol lobogó - elbeszélések, 1991) a kelet-európai történelem és társadalom csapdáiba szorított, kiszolgáltatott ember sorsát elemzi. 1992-ben megjelent, Gályanapló című kötete szépirodalmi formában megírt napló az 1961-1991 közti évekről. Az 1997-es Valaki más: a változás krónikája című könyve ezt a belső monológot folytatja az 1991-1995 között vezetett jegyzetek formájában. Előadásokat és esszéket tartalmaznak A holocaust mint kultúra (1993), A gondolatnyi csend, amíg a kivégzőosztag újratölt (1998) és A száműzött nyelv (2001) című kötetek.

A Sorstalanság-trilógia folytatásaként 2003 szeptemberében látott napvilágot a Felszámolás című regény, amely a rendszerváltozás utáni budapesti értelmiségről ad képet. A 2006-ban kiadott K. dosszié című önéletrajzi dialógusregény az író életéről, szüleiről, szerelmeiről, pályájáról, a szellemi szabadság kivívásáról és arról szól, hogyan függ össze saját élete hőseinek sorsával, az élet az irodalommal. Az író 2008-ban adta ki Európa nyomasztó öröksége címmel az elmúlt húsz évben született esszéit, 2009-ben - 80. születésnapja tiszteletére - jelent meg A megfogalmazás kalandja című kötete, amely eszmefuttatásaiból közöl válogatást, és több vele készült interjút is közread. 2011-ben látott napvilágot 2001 és 2003 között írt naplója Mentés másként címmel. A 2014-es esztendő termése A végső kocsma című kötet, amely szokatlan és a maga nemében páratlan vállalkozás: a 2001 és 2009 között írt naplófeljegyzések és szépirodalmi vázlatok, töredékek egy megíratlan, s talán meg sem írható regény különös és fájó történetét idézik meg.

Számos más elismerés mellett Kertész Imre 1989-ben megkapta a József Attila-díjat, 1997-ben a Kossuth-díjat, 2000-ben a Herder-díjat és a Die Welt irodalmi díját, 2001-ben a német Becsületrendet, 2003-ban pedig a Magyar Köztársasági Érdemrend nagykeresztjét (polgári tagozat). A 2002. évi irodalmi Nobel-díjat - az indoklás szerint - munkásságáért ítélték neki, "amely az egyén sérülékeny tapasztalatának szószólója a történelem barbár önkényével szemben". A Sorstalanságot számos nyelven kiadták, filmadaptációját Koltai Lajos rendezte Ennio Morricone zenéjével.

Az író 1998 óta tagja a darmstadti Deutsche Akademie für Sprache und Dichtungnak, 2009 óta pedig a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémiának. 2002-ben Budapest díszpolgára, 2007-ben a Magyar Kultúra Nagykövete lett.

A felváltva Budapesten és Berlinben élő és alkotó író műveit több nyelvre lefordították. Nagy sikere van német nyelvterületen, összegyűjtött művei 1999-ben a Rowohlt kiadó gondozásában jelentek meg. Õ maga németből fordít, mások mellett Freud, Hoffmannstahl, Nietzsche, Canetti és Wittgenstein műveit ültette át magyar nyelvre.

2012-ben munkásságának dokumentumaiból archívumot hoztak létre a Berlini Művészeti Akadémián. Többek között itt őrzik a Sorstalanság, A kudarc, a Kaddis a meg nem született gyermekért és a K. dosszié című kötetek, számos esszé és beszéd kéziratát, továbbá az író 1961 óta vezetett naplóit, valamint 1988 óta keletkezett levelezését.

2014. augusztus 20-án Kertész Imrének a legmagasabb magyar állami kitüntetést, a Magyar Szent István Rendet adományozta Áder János köztársasági elnök a Sándor-palotában.