Nem sokkal megalakulása után, már 1991 nyarán is voltak belső viták az SZDSZ-en belül. Az októberben háttérbe vonult Tölgyessy Péter több nyilatkozatában is a párt válságáról beszélt, s ezt az Országos Tanács június 8-i ülésén is felvetette.

Október 2-án aztán az SZDSZ elnöke, Kis János bejelentette, hogy nem kíván indulni a következő hónapban esedékes elnökválasztáson. Megkezdődött az elnökségért folyó harc, amely elemzők szerint a magyar politikatörténetben páratlanul nyílt, amerikai stílusú, közel két hónapos kampányt jelentett. Pető Iván a november 8-i Népszabadságban a kívülállók számára szokatlan bejelentést tett: Tölgyessy győzelme esetén lemond a frakcióvezetői posztról.

Tölgyessy Péter megválasztását és Pető Iván lemondását követően az SZDSZ-en belül két platform alakult, döntően a belső ellenzék tagjainak részvételével: a Hack Péter és Tamás Gáspár Miklós nevével fémjelzett Liberális Konzervatív Unió és a Magyar Bálint, Szabó Miklós, Pető Iván által támogatott Szabadelvű Kör.

Az elmúlt másfél évtized bebizonyította, hogy ez utóbbi erőtér határozza meg a szabad demokraták mindenkori irányvonalát. Erről írt 2007-ben az egyik alapító Kőszeg Ferenc is.

2004-ben szinte Gyurcsány Ferenccel egy időben került politikai reflektorfénybe a szintén az üzleti világból érkezett Kóka János. A miniszteri székből hamar a pártvezetés csúcsára került. A belső botrányok pedig megszaporodtak. A 2007-es tisztújításnál már bűncselekmény történt. Akkor Kóka János lett az elnök.

Tavaly évvégén a Budai Központi Kerületi Bíróság magánokirat-hamisítás miatt egy, illetve két év próbára bocsátotta T. Asztalos Ildikót, az SZDSZ korábbi Borsod-Abaúj-Zemplén megyei elnökét és hat társát, egy vádlottat pedig bizonyítottság hiányában felmentett. A testület indoklása szerint a vádlottak egy része távol lévő küldöttek helyett írt alá és szavazott, sőt olyan ember is részt vett a szavazáson, aki még csak a pártnak sem volt a tagja. E cselekményben pedig többen, így T. Asztalos Ildikó is bűnsegédként vett részt.

A Fodor Gábor - Kóka János párharcból 2008-ban Fodor Gábor került ki győztesen. Az egység érdekében Fodor Gábor a szabad demokraták parlamenti képviselőcsoportját is vezetni szerette volna, de aztán vetélytársa, Kóka János maradhatott a frakció élén. Az európai parlamenti választásokra is hivatkozva, újra megmérkőztek a posztért, de itt tartotta magát Kóka János. Június 7-én aztán mindössze a szavaztok 2,16 százalékát szerezte meg az SZDSZ.

Fodor Gábor előbb a pártelnökségről mondott le, majd a parlamenti mandátumát adta vissza. A tavaly nyári elnökválasztáson a különböző érdekcsoportok kevésbé ismert fiatal politikusai indultak az elnöki posztért. A tisztséget elnyerő Retkes Attila új SZDSZ-t hirdetett, és lényegében megfogalmazta azokat a kritikákat pártjával szemben, amelyeket az elmúlt 20 évben más pártok részéről folyamatosan hangoztattak a szabad demokratákkal kapcsolatban.

Aztán több pártalapító kilépett, és különböző, magukat liberálisnak valló szervezetet alapítottak. Az MDF-SZDSZ politikai-stratégiai szövetségről az InfoRádió számolt be elsőként 2008. augusztusában. Ezt akkoriban a közrádióban Herényi Károly a nyári uborkaszezonra hivatkozva nevezte képtelenségnek, míg Eörsi Mátyás is ironikusan cáfolta.