Hajnal Esztergomban született, Nyergesújfalun ismerkedett meg a labdarúgás alapjaival. A Ferencvároshoz 1990-ben került, hét évvel később profi szerződést kapott, és 16. születésnapja után három nappal bemutatkozott a felnőttek között.

Külföldi karrierje 1998-ban kezdődött és 2014-ig tartott, kétéves belgiumi kitérőt leszámítva német klubokban szerepelt. A Schalke 04-ben, a Karlsruhében, a Borussia Dortmundban és a VfB Stuttgartban összesen 149 Bundesliga-találkozón szerepelt.

A Ferencvároshoz 2014-ben tért vissza, az együttesben töltött két időszaka alatt összesen 52 bajnoki összecsapáson hét gólt szerzett.

Hajnal 2004 októberében a svédek ellen mutatkozott be a magyar válogatottban, amelyben összesen 59 alkalommal szerepelt és hét gólt szerzett. A nemzeti csapatban 2013-ban játszott utoljára, hivatalosan 2016 novemberében búcsúztatták el - Juhász Roland, Király Gábor és Vanczák Vilmos társaságában -, a Svédország elleni barátságos mérkőzés előtt, amelyen már nem lépett pályára.