2001. október 1-én egy korszak ért véget, amikor a csődbement Swissair bejelentette, hogy a földön maradnak a gépei. A svájci szövetségi kormány még néhány hónapon keresztül életben tartotta a céget, de az több mint 70 év után már nem szállított utasokat.

Más nagy cégekhez hasonlóan "a repülő banknak" is nevezett társaság megsínylette a 2001 szeptember 11-i terrortámadások után gazdasági helyzetet, a diszkont-légitársaságok előretörését, de megbosszulta magát az úgynevezett "vadász stratégia" is, melynek során egy sor kisebb légitársaságot vásárolt fel - köztük a csődbement belga Sabenát, a most eladásra váró portugált Tapot és a lengyel LOT-ot - ahelyett, hogy szövetségeket alakított volna ki velük.

A 2001-es krach volt Svájc történetének legnagyobb vállalati csődje. Az okok között sorolták még fel, hogy a Swissairnek nem voltak tőketartalékai, és nem tudott hitelekhez jutni. A csőd nyomán hozták létre az addig a Swissair leányvállalataként működő Crossair regionális cégből a Swiss International Airlinest, az új márkanévvel és logóval rendelkező nemzeti légitársaságot, amely átvette a legtöbb Swissair útvonalat és a személyzet nagy részét.

Amiatt azonban, hogy a Crossair pilóták tiltakoztak a volt Swissair-pilóták előnyösebb szerződései miatt, létre kellett hozni a Swiss European Airlines nevű céget is. A Swissair bukása nyomán 5000 svájci vesztette el munkáját, világszerte.

A korábbi várakozásokkal szemben a Swiss nem vált a British Airwayst, az American Airlinest és másokat tömörítő Oneworld szövetség részévé, hanem 2005-ben összeolvadt a német nemzeti légitársasággal, a Lufthansával.

A Swissair összeomlása lélektani mérföldkő volt Svájc számára, mert sokan addig nagyon stabil, megbízható és minőségi cégnek tartották a légitársaságot. Kellemetlen kérdések hangzottak el a vállalati kultúráról is - arról, hogy a titkolózás vezethetett el oda, hogy a vezetők nem ismerték fel időben, hogy rossz döntéseket hoztak.

2007-ben az egész Swissair-vezérkart bíróság elé állították hűtlen kezelés, hamis tanúzás és hamisítás vádjával. Az eljárást hatalmas érdeklődés övezte, a Sabena ügyvédje pedig a cége tönkretételével vádolta a Swissairt. Más elemzők megjegyezték: a Sabena húzta le a Swissairt, mert a helyi ellenállás miatt nem tudta azt nyereségessé tenni, és előállt az a helyzet, hogy meg kellett volna mentenie a belga céget. Egy öt hónapig tartó per után végül felmentették a Swissair-vezetést.

A Swiss közben 2006-ban már nyereséges volt, 2010-ben egymilliárd dollárt költött kilenc új gépre. 2011-ben pedig az előző évi profit több mint dupláját produkálta.