A parancs kiadásáról a bíróság zárt ülésén született döntés. Marta Rosales bírónő elrendelte azt is, hogy foglalják le az egykori elnök vagyonát.

Flores, aki 2004-ig volt államfő, a jelenlegi kormány információja szerint valószínűleg Panamában tartózkodik. Ha Salvadorban nem találják, nemzetközi körözést adnak ki ellene az Interpolon keresztül.

Francisco Florest egyebek között azzal vádolják, hogy elnöksége alatt 5,3 millió dollárnyi állami pénzt elsikkasztott, és azt a tízmillió dollárt is szabálytalan módon kezelte, amelyet Salvador egy földrengés utáni újjáépítési tevékenységre Tajvantól kapott 2001-ben. Flores korábban tagadta a vádakat, és azt hangoztatta, hogy a pénzt előre megtervezett és bejelentett állami beruházásokra fordították.