Krakkóban, a mai kis-lengyelországi (Malopolska) vajdaság székvárosában az Osztrák-Magyar Monarchia felbomlása és a független lengyel állam újjászületése után, 1918-ben nyílt meg az első magyar konzulátus. A képviselet 1924-től főkonzulátusként működött. Hamarosan magyar konzulátusok nyíltak Lembergben, Poznanban és Danzigban (Gdanskban) is. Lengyelország 1939-es német és szovjet megszállása, az ország függetlenségének felszámolása után ezeket a magyar képviseleteket mind bezárták.

A második világháborút követően, hosszú szünet után, az Antall-kormány idején, 1994. március 19-én nyitották meg újra a magyar főkonzulátust Krakkóban. Akárcsak most, akkor is Martonyi János - még a Külügyminisztérium államtitkáraként - avatta fel a magyar képviseletet. Az első krakkói főkonzul (1994-1995 között) Kovács István polonista, diplomata, történész, költő és műfordító volt. Õ még egyszer, 1999-2003 között ellátta a képviselet vezetését. Kovács István az egyetlen krakkói főkonzul, akit rendkívül aktív, szerteágazó tevékenysége elismeréseként a város díszpolgárává avattak.

Az Antall-kormány a krakkói egykori zsidónegyedben, Kazimierzben egy épületet is megvásárolt a főkonzulátus céljaira, ezt azonban az 1994-es választásokon győztes Horn-kormány eladta, arra hivatkozva, hogy nincs pénz az épület felújítására, és helyette egy másik épületet bérelt.

A főkonzulátust 15 évnyi sikeres működés után a Bajnai-kormány számos más külképviselettel együtt takarékossági okokból bezáratta. Balázs Péter akkori magyar külügyminiszter 2009 májusában jelentette be a nemzetközi pénzügyi válságra hivatkozva, hogy karcsúsítják a magyar külképviseleti hálózatot, amitől a Külügyminisztérium évi 2 milliárd forintos megtakarítást remélt. Németh Zsolt, az akkor ellenzéki Fidesz szakpolitikusa bírálta és átgondolatlannak nevezte az intézkedést. Ígéretet tett, hogy választási győzelem esetén a Fidesz újra megnyitja a fontosnak ítélt külképviseleteket, köztük a krakkói főkonzulátust is.

A főkonzulátus bezárása ellen Lengyelországban élénk tiltakozások voltak. Tiltakozott mások között a több tucat társaságot képviselő Lengyel-Magyar Baráti Társaságok Szövetsége, a Dél-lengyelországi Magyarok Egyesülete, Jacek Majchrowski krakkói polgármester és több más dél-lengyelországi, magyar testvérvárosi kapcsolatokat is ápoló város polgármestere és önkormányzata. Felhívták a figyelmet, hogy Krakkó különleges szerepet játszott a két nép több évszázados, kivételes kapcsolatainak történetében, a Jagelló Egyetemen több ezer magyar diák tanult, s az egyetemen magyar tanszék is működik. Krakkónak két magyar testvérvárosa - Pécs és Budapest - is van, a régió és a város számos magyar vonatkozású történelmi emlékével a legkedveltebb és leglátogatottabb lengyel úti cél a magyarok számára. Emlékeztettek arra, hogy Krakkó fontosságát számos európai ország érzékeli, a városban önálló francia, amerikai, német, osztrák, orosz, ukrán és szlovák főkonzulátus, valamint tiszteletbeli konzulátusok működnek.

Az itt beruházásokat tervező magyar üzletemberek számára is fontos a főkonzulátus, amely nemcsak a kultúrdiplomácia, de a konzuli ügyek terén is nélkülözhetetlen feladatokat lát el.

A most megnyíló főkonzulátus a város főpályaudvarához közel, az egykori, igényesen felújított Lubicz Sörfőzde központi épületében, a Götz-palotában kap otthont. A Külügyminisztérium bérli az irodaházként használt épület egész földszinti részét. A külképviseletet Körmendy Adrienne főkonzul vezeti, működési területe a kis-lengyelországi, alsó-sziléziai, opolei, sziléziai, Szentkereszt (Swietokrzyskie) és kárpátaljai (Podkarpackie) vajdaságokra, mintegy 110 ezer négyzetkilométerre terjed ki.

A varsói nagykövetség mellett működő konzulátuson kívül jelenleg négy tiszteletbeli konzulátus is működik Lengyelországban, Lódzban, Poznanban, Szczecinben és Bydgoszczban, az utóbbi kettőt 2013-ban nyitották meg.