Szombati egyiptomi sajtójelentések szerint ezúttal az igazságszolgáltatás megsértésével gyanúsítják őt. Eszerint azt róják fel neki, hogy az országban 2005-ben tartott parlamenti választásokon az ellenzék vezetőjeként a szavazás állítólagos manipulálásával vádolta meg a választásokat igazságügyi hatóságokat.

Az egyiptomi főügyész szeptember elején már erőszakra való felbujtás gyanújával emelt vádat Murszi ellen. A volt elnöknek - akit július 3-án mozdított el a hadsereg - legalább hét tüntető haláláért kell felelnie a bíróság előtt. A tüntetők abban a demonstrációban vesztették életüket, amely 2012 decemberében zajlott le Kairóban, tiltakozásul az elnök által kiadott alkotmányos rendelet ellen.

Murszi ellen ezen kívül nyomozás folyik abban az ügyben, amelyben sokadmagával megszökött a börtönből a Hoszni Mubarak megbuktatott államfő elleni felkelés idején, 2011 elején. Azzal gyanúsítják, hogy több más szökevényhez hasonlóan ő is bűnrészes volt börtönőrök meggyilkolásában, valamint hogy a szökést a Hamász palesztin szervezettel együttműködve hajtották végre. Ebben az ügyben azonban még nem volt vádemelés.

Murszit sorozatos tömegtüntetések után a hadsereg fosztotta meg hatalmától alig egy évvel azután, hogy hivatalba lépett. A hatóságok azóta kíméletlen hadjáratot folytatnak a Muzulmán Testvériség tagjai ellen.

Elmozdítása óta a volt államfőt ismeretlen helyen tartják őrizetben.