A 13. század elején meggyengült a királyi hatalom. Az 1205-től uralkodó II. András egész megyéket adományozott el, ami a királyi jövedelmek csökkenéséhez, a kedvezményezett nagybirtokosok hatalmának növekedéséhez vezetett. Intézkedései sokak érdekét sértették, a főuraktól a vagyonos közszabadokig és a várnépekig, az elégedetlenek élére a trónörökös IV. Béla állt. Béla 1235-ös trónra lépése után nem hagyott kétséget afelől, hogy szakítani akar apja politikájával: leszámolt annak bizalmasaival, tekintélyének megerősítése érdekében pedig elrendelte, hogy a királyi tanácsban rajta kívül mindenkinek állnia kell. A legnagyobb felháborodást azzal keltette, hogy visszavette az "indokolatlan" birtokadományokat, maga ellen fordítva a legbefolyásosabb hatalmasságokat.

A kegyetlen hódító mongolokról szóló első híradások az 1230-as évek közepén érkeztek Magyarországra. A keleten maradt magyarok felkutatására indult Julianus barát 1237-es második útján már nem tudott eljutni "Nagy-Magyarországra", s visszafordulva azt jelentette, hogy a mongolok elsöpörték őket. A veszélyt felismerő Béla 1239-ben befogadta a mongolok elől menekülő kunokat, akik azonban nomád életmódjuk miatt hamarosan összeütközésbe kerültek a magyarokkal, s a nép többsége úgy vélte, hogy a király a vitás ügyekben rendre a kunoknak kedvez. A korabeli krónikás, Rogerius szerint "királyával ellenséges állapotban volt Magyarország, amikor (1240) karácsony táján híre érkezett, hogy az Oroszországgal határos magyar végeket elpusztították a tatárok".

A mongolok három oszlopban támadtak: az északi szárny Lengyelország, majd a Kárpátok hágói felől, a déli Erdélyen keresztül, a Batu kán vezette fősereg pedig a Vereckei-hágón át zúdult Magyarországra. Batu 1241. március 12-én játszi könnyedséggel tört át a határtorlaszokon, és lekaszabolta a hágót védő Dénes nádor ötezer fős seregét. A magyar király nyugati segítséget nem kapott, hadserege csak lassan gyülekezett Pesten. A közhangulat a tatárok szövetségeseinek gondolt kunok ellen fordult: királyukat, Kötönyt felkoncolták, mire a kunok dúlva-pusztítva dél felé kivonultak az országból.

A magára maradt Béla mintegy 20 ezres seregével kelet felé indult. Április 10-én a Sajó hídjánál vertek tábort, melyet védekezésként szekerekkel vettek körbe, s ez később végzetesnek bizonyult, mert a körön belül az egymást érő sátrak között még közlekedni is alig lehetett. Az elbizakodott magyarok nem tudták, hogy már a Batu kán vezette, létszámban egyenlő mongol fősereggel állnak szemben. Az éjszaka folyamán a Sajó egyetlen hídjánál visszavertek egy mongol támadást, amit a sereg nagy része döntő győzelemnek gondolt, és aludni tért.

A mongolok azonban hajnalban újra támadtak, több helyen átkeltek a folyón, és bekerítették a magyarokat. A táborra nyílzáport zúdítottak, a sátrakra tüzet vetettek, a bennlévők pedig a zsúfoltság miatt képtelenek voltak a védekezésre. A magyarok végül egyetlen kiutat láttak, s megpróbáltak kitörni a csapdából. A mongolok folyosót nyitottak számukra, majd a halálra hajszolt menekülőket lenyilazták, mocsárba kergették. A csatában az ország két érseke, számos püspök, a főurak és a nemesség színe-java elesett, kétnapi járóföldre mindent holttestek borítottak. A támadók azonban nem érték el legfőbb céljukat: IV. Béla az őt védelmezők önfeláldozásának és hősiességének köszönhetően el tudott menekülni.

Győzelmüket követően a mongolok lerohanták a védtelenül maradt országot, csak a várak tudtak velük dacolni. A kezükbe került királyi pecséttel megszervezték az aratást és az adóbehajtást, majd ismét nagy pusztítást vittek végbe a lakhelyére visszacsalt lakosság körében. Az Ausztriába menekült Béla királyt Frigyes herceg segítség helyett elfogta, kifosztotta, az uralkodó végül a dalmáciai Trau, a mai Trogir várában talált menedékre.

A mongolok 1242 tavaszán váratlanul kivonultak, amit régebben az új nagykán megválasztásával hoztak összefüggésbe, de vélhetőleg inkább veszteségeik, megnyúlt utánpótlási vonalaik és hagyományos taktikájuk miatt döntöttek így: csak a felderítő-előkészítő hadjáratok után következett a végleges hódítás, ami Magyarország esetében már elmaradt. A pusztítás így is felmérhetetlen volt, egy nyugati krónika szerint "Magyarországot, mely háromszázötven éven át fennállott, a tatárok hada elpusztította". A lakosság mintegy negyede esett a harcok, a járványok és az éhínség áldozatául, - ekkora pusztulást a magyarság csak a török korban élt át újra. Az ország IV. Béla irányításával épült újjá, így méltán nevezik őt második honalapítónak.