A tudós 1943. augusztus 5-én született Budapesten. Jászberényben érettségizett, majd 1966-ban közgazdászként diplomázott a Marx Károly Közgazdaságtudományi Egyetemen. 1981-ben védte meg kandidátusi, majd 1990-ben akadémiai doktori értekezését. 1998-ban az MTA levelező, majd 2004-ben rendes tagjává választották.

Zalai Ernő 2012-ben a matematikai közgazdaságtan, a mikroökonómia, a gazdasági modellezés és elemzés terén végzett iskolateremtő tudományos kutatói és kutatásszervezői munkásságáért, a hazai közgazdászképzésnek a vegyes piacgazdaság igényeihez és nemzetközi követelményeihez igazításában játszott vezető szerepe és más szakmai tevékenysége elismeréseként Széchenyi-díjat vehetett át.

A díj átvételekor az mta.hu-nak elmondta, a matematikai közgazdaságtani kutatások, az egyetemi oktatás, ezen belül a doktori képzés, valamint az MTA doktora cím követelményrendszerének kialakítását is magában foglaló közéleti tevékenység egyaránt fontos szerepet töltött be az életében. Az akadémikus egyik legfontosabb eredményének azt nevezte hogy e három területen végzett munkáját össze tudta egymással hangolni.