Prohászka János főleg a fémek reális szerkezete és tulajdonságai közötti kapcsolatot vizsgálta. A fémek szerkezetbeli változásait felhasználva kidolgozta az acélok gyorshőkezelésének technológiáját.

1990-től volt az MTA kutató professzora, több akadémiai bizottság tagja. A Miskolci Egyetem díszdoktori címmel tüntette ki. A tudós idős kora ellenére aktív életet élt, újabb, a tudományterületével összefüggő könyvön dolgozott.