A hajszíne és vezetési stílusa miatt "lila boszorkányként" emlegetett Margot Honecker 1927. április 17-én Halléban született egy cipész és egy gyári munkásnő lányaként. 1963-tól egészen a volt kommunista állam összeomlásáig, 1989 novemberéig állt az egykori Német Demokratikus Köztársaság (NDK) kulturális minisztériumának élén. Minisztersége idején mindvégig az egyházak ádáz ellenfelének számított, és mindent megtett az iskolák politizálása, illetve militarizálása érdekében, ő vezette be a katonai oktatás doktrínáját a középiskolákban.
A krónikák szerint mindvégig valóságos bábfiguraként irányította férjét, akivel együtt a berlini fal leomlása és a német egyesítés után, 1991 decemberében Chile moszkvai nagykövetségén kaptak menedéket. A következő esztendő júliusáig maradtak ezen a helyen, de az orosz kormány sorozatos diplomáciai tárgyalások után kiadta Erich Honeckert a német hatóságoknak. A volt kommunista vezetőt ezután börtönbüntetésre ítélték, az NDK-NSZK határ mentén 1964 és 1989 között lelőtt emberek tucatjainak a haláláért tették ugyanis felelőssé.
A volt "vörös first lady" ugyanakkor 1992-ben lányával, Sonjával együtt Chilébe utazott, ahová férje is követte őket, miután 1993-ban emberiességi okokból - rákbetegségének végső stádiumára tekintettel - szabadon engedték.
Erich Honecker 1994 májusában elhunyt, özvegye azóta is a chilei fővárosban élt a német állam által utalt mintegy 750 dolláros nyugdíjából.
Margot Honecker számos megnyilatkozásában tett hitet a kommunista eszmék mellett, 2008-ban Daniel Ortega nicaraguai elnöktől a sandinista rendszer számára a nyolcvanas években nyújtott támogatásért kitüntetést kapott. 2012-ben az ARD német televíziónak adott interjújában megvédte az NDK-t és a berlini falat, "hülyéknek" minősítve azokat, akik annak idején megpróbálták átmászni rajta.
Margot Honecker évente járt Kubába orvosi kezelésre, de súlyos rákbetegsége már gyógyíthatatlan volt.
