A háromcsillagos nyugalmazott tábornokot a 2016-os amerikai elnökválasztáson történt orosz beavatkozások ügyében hallgatta meg a Szövetségi Nyomozó Iroda (FBI). A nyomozás során a volt nemzetbiztonsági tanácsadó nem mondott igazat orosz tisztségviselőkhöz fűződő kapcsolatairól és találkozóiról Szergej Kiszljakkal, Oroszország volt washingtoni nagykövetével. Flynn később be is ismerte, hogy hazudott erről. A kedden benyújtott dokumentumban ezt a vallomását vonta vissza, arra hivatkozva, hogy a kormányzat tisztségviselői - az FBI nyomozói - "rosszhiszeműen jártak el" vele szemben.

A szövetségi ügyészek először olyan büntetést javasoltak, amellyel elkerülhette volna a börtönt, mivel együttműködött a nyomozó hatóságokkal. Michael Flynn azonban ügyvédeket cserélt, akik a kormányzat rosszhiszeműségét vetették fel, azt állítva, hogy a nyomozás során visszatartottak bizonyítékokat, "tőrbe csalták" védencüket, majd megszegték a korábban kötött vádalkut is. Ezt követően az ügyészek változtattak álláspontjukon, és a múlt héten hat hónapig tartó börtönbüntetést kértek a volt nemzetbiztonsági tanácsadóra.