A Boszniát lángba borító háború kezdetén Momcsilo Krajisnik, a boszniai parlament akkori elnöke felkereste egykori ismerősét, Alija Izetbegovic muzulmán származású államfőt és azt javasolta neki, hogy osszák fel Szarajevót. Izetbegovics nemet mondott, Krajisnik pedig búcsúzóul egy tollat ajándékozott neki. Ez volt az utolsó baráti gesztus köztük, mert rövid időn belül esküdt ellenségekké váltak.

Krajisnik befolyásos posztra tett szert abban a boszniai szerb vezetésben, amely módszeres etnikai tisztogatással akarta megvalósítani azt az álmát, hogy a szerbek egy összefüggő és etnikailag homogén területen, Nagy-Szerbiában élhessenek.

A boszniai szerb parlament elnöke és a még mindig szökésben lévő Radovan Karadzsics tanácsadója lett. Akkori befolyását jól jelezte, hogy a daytoni béketárgyalásokon ő volt a boszniai szerbek legmagasabb szintű képviselője, sőt, a békekötés után létrehozott hárometnikumú boszniai elnökségnek egy ideig ő volt a szerb tagja.

Ez a befolyás azonban véget ért, amikor 2000-ben elfogták és kiadták Hágának, ahol azzal vádolták, hogy része volt a bosnyákok és horvátok szervezett elüldözésében, és részleges kiirtásában. A bíróság hangsúlyozta, hogy Krajisnik jogilag is felelős volt a boszniai szerb erők által végrehajtott gyilkosságokért, kínzásokért és kitelepítésekért.

Krajisnik tagadta, hogy köze lett volna háborús bűnök elkövetéséhez, egy volt kollégája, Biljana Plavsics egykori miniszterelnök azt vallotta, hogy "jelentős hatalommal rendelkezett" és hogy Radovan Karadzsicsra is befolyással volt.

A hágai törvényszék úgy találta, hogy Krajisnik Karadzsiccsal és a szintén bujkáló Ratko Mladics tábornokkal karöltve vezette a Nagy-Szerbia megteremtését célzó etnikai tisztogatásokat. A bíróság ugyanakkor - elegendő bizonyíték hiányában - felmentette a népirtás vádja alól. A boszniai háborúban 200 ezer ember halt meg, sok holttestet még mindig nem sikerült azonosítani és az ország gyakorlatilag még mindig megosztott.