Magyarországon a rendszeres személyi adatnyilvántartás a katolikus egyház 1563-ban zárult tridenti zsinata után, a 17. század elején kezdődött. 1611-ben a nagyszombati tartományi zsinat rendelkezett a tridenti határozatok átvételéről. Pázmány Péter esztergomi érsek, az ellenreformáció vezéralakja 1625-ben tette kötelezővé a plébániák számára az anyakönyvek vezetését, amelyekben a születéseket, bérmálásokat, házasságkötéseket és halálozásokat jegyezték fel. Hasonló könyvek vezetését hamarosan más egyházak is megkezdték, jóllehet erre hivatalosan csak 1785-ben jogosította fel őket a reformer II. József, "a kalapos király".

Az anyakönyveket a katolikus egyház 1943-ig latinul, a református és evangélikus egyház pedig a kezdetektől magyarul vezette. A legrégibb fennmaradt magyarországi anyakönyv a soproni evangélikus egyház (1624) és a kőszegi katolikus plébánia (1633) matriculája.

A korai anyakönyveket kezdetben nem rovatok szerint, hanem folyamatosan, napok és hónapok szerint vezették. A 18. század első felétől kezdték a helyet, dátumot és az esemény leírását külön oszlopokban feljegyezni. A II. József által 1787-ben kiadott dekrétumban jelentek meg a sablonszerű, majd a 19. század elejétől az előre nyomtatott anyakönyvek. A születést, az esküvőt és az elhalálozást csak 1800-tól vezették külön könyvekben.

A 19. század végére a vallási érdekkülönbségekből egyre több súrlódás, sérelem halmozódott fel. Az egyházpolitikai küzdelmek az 1890-es évek elején tetőztek, a leghevesebb viták a házasságkötés, a vegyes házasságokból született gyermekek vallása, az állami anyakönyvezés, az izraelita vallás egyenjogúsítása és a szabad vallásgyakorlás körül bontakoztak ki. Az ezeket szabályozó törvénytervezetek előkészítése évekig húzódott, elutasító magatartást tanúsított a Vatikán és a magyar katolikus egyházi vezetés is. A jogszabályokat végül 1894-95-ben sikerült elfogadtatni, megerősítve az állam szerepét. (Ausztriában - a magyarországi fejleményekkel ellentétben - megmaradt az egyházi anyakönyvvezetés, és szabadon választható maradt a polgári házasságkötés.)

Az állami anyakönyvekről rendelkező 1894. évi XXXIII. törvénycikk I. Ferenc József császár és király aláírása után, 1895. október 1-jén lépett életbe, a kötelező polgári házasságkötésről rendelkező törvénnyel egy időben. Mintának a francia központosított rendszert tekintették, már az első paragrafus leszögezte: "A születések, házasságok és halálesetek közhitelű nyilvántartására és tanúsítására kizárólag ... az arra hivatott közegek által vezetett állami anyakönyvek szolgálnak." Az anyakönyvek vezetése az anyakönyvi kerületek székhelyén történt, az anyakönyvvezetőket és helyetteseiket a belügyminiszter nevezte ki.

A Belügyminisztériumban 1897-től szervezték meg az önálló állami anyakönyvi főosztályt. Az anyakönyvvezetés felső szintű irányítása sokáig megőrizte önálló szervezeti kereteit, de 1950-ben, a tanácsrendszer kiépítése során a közigazgatási feladatokkal együtt az anyakönyvi ügyek intézése, az anyakönyvvezetők kinevezése is a helyi tanácsok hatáskörébe került. Az anyakönyvek fölötti felügyeletet 1963-ban vonták el a Belügyminisztériumtól, a hatáskört a Minisztertanács elnökére ruházták át. A rendszerváltás után, 1990-ben az anyakönyvek vezetése, az anyakönyvi ügyintézés a polgármesteri hivatalok feladatköre lett.

2014. július elsejétől a papíralapú anyakönyveket felváltotta az elektronikus anyakönyvi nyilvántartás. A négy addigi anyakönyvi típust (születési, házassági, bejegyzett élettársi kapcsolatot rögzítő és halotti) egy, az egész országban bármelyik anyakönyvvezetőnél elérhető anyakönyv váltotta fel. Az új rendszer már nem eseményekhez, hanem személyekhez köti az adatokat, de természetesen ennek alapján is lehet kivonatot és hatósági bizonyítványt kiállítani. A papíralapú anyakönyveket a változások felmerülésekor digitalizálják.