Az akkor húszéves Dárdai Pál – akkor még ifjabb Dárdai Pál, hiszen édesapja is remek futballista volt a PMSC legendája – néhány héttel a 21. születésnapja előtt igazolt játékosként az akkor második osztályú Herthába. Azon a tavaszon tíz mérkőzést játszott a feljutást kiharcoló berlini klubban. Az első osztályban 1997. október 4-én, a Schalke 04 otthonában mutatkozott be. 2011-ig futballozott az Öreg Hölgynél, ahol évekig csapattársa volt Király Gábor.
Berlini pályafutása igazi sikertörténet: az 1998–1999-es bajnokságban ő lett Az év játékosa a Herthában, 21/1-es volt Berlinben a mutatója, és bronzérmet szerzett a kék-fehérekkel. Abban az esztendőben Uli Hoeness, a Bayern München menedzsere – akinek öccse, Dieter volt a Hertha sportigazgatója – a német rekorderbajnokhoz hívta. Dárdai azonban maradt a berlini klubban.
Kétszeres német Ligakupa-győztes (2001, 2002) lett. 1997 és 2010 között megszakítás nélkül a Bundesliga 1-ben szerepelt a csapatával, akadt olyan szezonja (2002–2003), amelyben négy gólt is szerzett.
Később így értékelte berlini szerződtetését: „Amikor ide szerződtem, másodosztályú volt a Hertha, otthon azt mondták, megőrültem, hova adtam el magam. Aztán az élet az én döntésemet igazolta. Külföldiként tíz évet egyetlen német klubcsapatban futballozni igen nagy teljesítmény. Játszottam valamivel több, mint kétszáz Bundesliga-meccset, lőttem tizenöt gólt, ebből persze több is lehetne, s legalább két jó évem volt a tízből.”
A Hertha BSC történetének legtöbb Bundesliga-mérkőzésén (297) szerepelt játékosa. Ugyancsak ő a klub legtöbb győztes meccsen pályára lépett játékosa a Bundesligában. Utoljára a 2012. május 13-án játszott bajnoki mérkőzést, a Hertha II. csapatában, a területi bajnokságban.
2012-től a Hertha utánpótlásánál (U15) kezdett dolgozni edzőként. 2014 szeptemberében, Pintér Attila menesztése után az MLSZ kinevezte szövetségi kapitánynak. Párhuzamosan 2015. február 5-én ő lett a Hertha vezetőedzője, benntartotta a csapatot a legmagasabb osztályban. Klubja az idény után véglegesítette, de egyben nem járult ahhoz hozzá, hogy az addig kettős minőségben dolgozó, s a magyar válogatottal tétmérkőzésen veretlen szövetségi kapitány tovább vigye a „másodállását”.
Amikor 2015. február 5-én átvette a Hertha első csapatát, a gárda a mostanihoz hasonló helyzetben volt. Kieső helyen állt (igaz, nem az utolsó, hanem az utolsó előtti helyen), 19 mérkőzésből szerzett 18 ponttal. Akkori nehézségeit csak fokozta, hogy sejthető volt, hogy a még gyengébben álló Borussia Dortmund magához fog térni, nem fog kiesni.
Az akkor 5 győzelem, 3 döntetlen, 11 vereséges mérleggel álló Hertha rögtön az edzőváltás után megverte a Mainzot, s elindult felfelé. Végül 9-8-17-tel zárta az idényt, vagyis a hátralévő 15 fordulóban csak hatszor veszített. Ezzel a tizenötödik lett a csapat a bajnokságban, még az osztályozót is megúszta.
Dárdai Pál maradt a vezetőedző a 2015–2016-os, a 2016–2017-es, a 2017–2018-as és a 2018–2019-es idényben is. Az elsőben varázslatosan jól szerepelt korábbi önmagához képest a Hertha, hetedik lett. A 2016–2017-esben még egy helyet előrelépett, hatodikként zárt. Bár gyengült aztán a keret, de 2017–2018-ban is tizedik lett. Ezt követte a 2018–2019-es tizenegyedik hely, ami után Dárdait menesztették, de most imába foglalnák érte a nevét.
Közben a Hertha tulajdonosváltáson esett keresztül, minden korábbinál nemesebb célokat tűzött ki az egyesület, de a pénzt nem jól költötte el. A megvásárolt játékosok többsége nem váltotta be a hozzá fűzött reményeket.
A 2019–2020-as idényben négyen is irányították a csapatot, Ante Čović 14, Jürgen Klinsmann 10, a beugró Alexander Nouri 4, majd Bruno Labbadia 6 mérkőzésen. A nagy fejetlenség csak az előzetes reményekhez képest szült katasztrofális helyezést, tizenegyedik helyen zárt a Hertha.
A kék-fehérek Bruno Labbadiával folytatták, de a 22 forduló után a vezetőség menesztette, 2021. január 25-én ismét Dárdai Pál vette át a csapatot. Jobb mérleget produkált, mint előző menesztése óta bárki, de a Hertha csak a tizennegyedik helyen végzett a 2020–2021-es, covidos idényben. Ugyanazon a helyen, ahol Dárdai átvette január vége felé, a 18. fordulót követően.
A következő szezonban november 29-ig irányította a magyar edző a csapatot, kisebbik fia, Márton rendszeresen játszott az első csapatban. (Korábban bátyja, az immár a MOL Fehérvárt erősítő Palkó is bemutatkozott a Bundesliga 1-ben. Márton eddig 37 Bundesliga-mérkőzésen kapott játéklehetőséget.)
Miután Dárdai Pál, részben személyes ellentétek miatt, távozni kényszerült a csapat éléről, Tafun Korkut váltotta. Őt 14 meccs és 108 nap után a legenda, Felix Magath követte, aki az idény végéig, kilenc találkozón dirigált. A Hertha osztályozós helyen zárta a bajnokságot, de aztán a Hamburger SV elleni pároscsatát megnyerve prolongálta élvonalbeli tagságát.
Sandro Schwarz lett 2022. július elsejével az új edző, neki 29 forduló, 289 nap jutott. Meg a kudarc: a szétesett Hertha az utolsó helyre csúszott vissza. Ezért kellett Dárdai Pál, aki ugyan korábban minden szerződéses kapcsolatát megszüntette a klubbal, de akinek érzelmi kérdés Berlin legpatinásabb klubjának a sorsa.
Dárdai Pál, aki játékosként 1997 és 2012 között tizenöt éven át játszott a csapatban, eddig 1914 napon keresztül dolgozott vezetőedzőként a Herthánál, illetve a Bundesliga 1-ben. Bő húsz éve, az őt is hajdanán vezetőedzőként irányító Jürgen Röber 2002. február 6-ai menesztése óta ő a klub rekordere.
Ő maga a XXI. századi Hertha.