Az MMA elődjét, az 1825-ben alapított Magyar Tudományos Akadémia Széptudományi Alosztályát 1949-ben a kommunista diktatúra megszüntette, a kommunista párt közvetlen irányítása alá vonta a művészeti életet. Az 1990-es szabad választások, a rendszerváltozás után megmozdult a művészvilág, hogy a magyar művészet akadémiai elismertetését visszaállítsa. Az Országgyűlés 1994-ben megalkotta az akadémiai törvényt, de az irodalom és a művészetek más területeit köztestületként szolgáló akadémiákról a döntést külön, majdan megalkotandó törvény hatálya alá utalta.

A Magyar Művészeti Akadémiát 1992. január 31-én alapította meg 22 jelentős művész társadalmi szervezetként, elnökévé Makovecz Imre építészt választották, aki 2011-ben bekövetkezett haláláig töltötte be ezt a tisztséget, 2011 óta a köztestület örökös tiszteleti elnöke. Az MMA alapító tagjai: Bak Imre festőművész, Balassa Sándor zeneszerző, Bertha Bulcsu író, Bodonyi Csaba építész, Bozay Attila zeneszerző, Csaba László építész, Deim Pál festőművész, Finta József építész, Gerzson Pál festőművész, Gyarmathy Tihamér festőművész, Gyurkovics Tibor író, Kerényi József építész, Kokas Ignác festőművész, Makovecz Imre építész, Melocco Miklós szobrászművész, Páskándi Géza író, Schéner Mihály festőművész, Schrammel Imre keramikus iparművész, Somogyi József szobrászművész, Szokolay Sándor zeneszerző, Tornai József író és Vigh Tamás szobrászművész.

A társadalmi szervezet legfontosabb célkitűzése az volt, hogy mindent megtegyen a magyar művészeti élet értékeinek megbecsüléséért, köztestületi elismertetésért. Az egyesület működésének első két évtizedében otthont teremtett magának, szakmai programjaiban és összejövetelein gondolatcserékre, viták összegzésére, országos jelentőségű művészeti kérdések megtárgyalására került sor. Könyveket adott ki, kiállításokat, konferenciákat rendezett, díjat alapított, pályázatokat bonyolított le. Az MMA a határon inneni és túli magyar alkotóművészek együttműködésének olyan helyszínévé vált, ahol a nemzetben gondolkodás természetessége az egyéni alkotómunka magas színvonalával párosul.

A 2011. április 18-án elfogadott és 2012. január 1-jén hatályba lépett új alaptörvény kimondja: Magyarország védi a Magyar Tudományos Akadémia és a Magyar Művészeti Akadémia tudományos és művészeti szabadságát. Az alaptörvény a köztársasági elnök hatáskörébe sorolja az MMA megválasztott elnökének tisztségében történő megerősítését.

Az Országgyűlés 2011 júliusában elfogadta a 2011. évi CIX. törvényt a köztestületként működő Magyar Művészeti Akadémia létrehozásáról. A törvény szerint az MMA önkormányzás elvén alapuló köztestület, amely a művészettel - különösen az irodalommal, a zenével, a képző-, ipar- és tervezőművészettel, valamint az építészettel, a fotó-, film-, előadó- és népművészettel -, továbbá a művészet elemzésével, támogatásával, oktatásával, hazai és nemzetközi bemutatásával, közkinccsé tételével, illetve a magyar művészek képviseletével összefüggő országos közfeladatokat lát el.

Az MMA tagjai (rendes, levelező, tiszteletbeli és pártoló tagok) a magyar művészeti életben kimagasló szellemi vagy alkotói teljesítményt felmutató művészek, akiket a közgyűlés választ közvetlen és titkos szavazás útján. A rendes tagok száma nem lehet több 250 főnél, a levelező tagoké 50 főnél. A Magyar Művészeti Akadémia megalakulásában azok vehettek részt, akik az 1992. január 31-én alapított MMA egyesület rendes tagjai voltak 2011. január 1-jén, így az autonóm köztestület MMA 2011. november 5-én 157 taggal jött létre. Első hivatalos rendezvénye az év december 1-jén a Kortársaink voltak címmel megnyílt kiállítás volt, mellyel a MMA hatvanegy néhai tagjának életművére emlékezett az Iparművészeti Múzeumban.

A Magyar Művészeti Akadémia első rendes közgyűlését 2012. január 28-án tartotta Budapesten. Az MMA kezdeményezésére 2013-ban az Országgyűlés a magyar művészeti élet kimagasló teljesítményt nyújtó, elismert képviselőinek személyes megbecsülése, méltó életkörülményeinek biztosítása céljából megalapította a Nemzet Művésze díjat, amelyet az MMA elnöke adományoz évente november 5., az akadémia alapításának évfordulója alkalmából. Az MMA-nak saját alapítású köztestületi (Életműdíj, Nagydíj, Aranyérem stb.) és tagozati díjai is vannak.

Az akadémia évkönyvekben mutatja be és dokumentálja a köztestülethez kötődő eseményeket. 2013 végétől negyedévente megjelenő folyóiratban, a Magyar Művészetben kíván fórumot adni az akadémia tagozataiban folyó műhelymunka eredményeinek és időszerű kérdések felvetésével, kifejtésével termékenyítően próbál hatni a művészek alkotómunkájára.

Az Országgyűlés 2013 októberében az MMA tulajdonába adta a Műcsarnok és a Pesti Vigadó épületét, valamint a XII. kerületi Hild-villát. Utóbbi, felújítását követően az akadémia új Művészetelméleti és Módszertani Kutatóintézetének ad helyet a múlt év végétől. A Műcsarnok 2014-től úgynevezett nemzeti szalonok rendezésével mutatja be a különböző művészeti ágak kortárs magyar reprezentánsait.

A 2011-től - Makovecz Imre halála után - Fekete György belsőépítész által vezetett akadémia 2017-ben már több mint tízmilliárd forintból gazdálkodhat. Az MMA rendes és levelező tagjai havi életjáradékban részesülnek. Az immár 25 éves akadémia - többek közt a Nemzeti Kulturális Alapban betöltött szerepe révén - az egyik legbefolyásosabb szervezet a magyar kulturális életben.