Az EP-választáson Magyarország egyetlen választókerületet alkot, ezért a fellebbezési, illetve a jogorvoslati szintek eltérnek az országgyűlési választáson gyakorolhatótól.
A június 9-ei választási eljárásban négyféle választási bizottság működik: szavazatszámláló bizottság (szszb), helyi választási bizottság, területi (fővárosi) választási bizottság, valamint Nemzeti Választási Bizottság (NVB).
Bírósági felülvizsgálat esetében a Kúria illetékes.
A 10 119 szszb a szavazás napján, június 9-én működik, dönt a szavazás folyamán felmerülő kérdésekben: például szavazni akarók visszautasításáról, mozgóurnaigény elutasításáról, vizsgálja a szavazatok érvényességét.
A helyi választási bizottság dönt a szavazatszámláló bizottság tevékenysége, döntése elleni kifogásokról, valamint a szavazóhelyiségben elkövetett egyéb cselekménnyel kapcsolatos kifogásról, és minden olyan kifogásról, amely kifejezetten az egyéni listás, az egyéni választókerületi, a kompenzációs listás, a települési nemzetiségi vagy a polgármester-választáshoz kapcsolódik. Az Európai Parlament tagjainak választásához kapcsolódó, kizárólag a helyi választási bizottság illetékességi területét érintő kifogásról is ez a szerv dönt.
A területi választási bizottság (Budapesten Fővárosi Választási Bizottság) dönt minden olyan kifogásról, amely kifejezetten a vármegyei vagy fővárosi önkormányzati választáshoz, a területi nemzetiségi önkormányzati választáshoz vagy a főpolgármester-választáshoz kapcsolódik. Emellett dönt a helyi választási bizottság hatáskörébe nem tartozó, kizárólag a területi választási bizottság illetékességi területét érintő, és a helyi választási bizottság döntése elleni fellebbezésről. A területi választási bizottság dönt a körzeti és helyi, illetve lekérhető médiaszolgáltatással vagy nem országosan terjesztett sajtótermékkel kapcsolatos kifogásról (ezekben az esetekben az illetékességet a médiatartalom-szolgáltató székhelye vagy lakóhelye határozza meg).
A Nemzeti Választási Bizottság az egész választási folyamatban működik: ez a testület vizsgálja, hogy az EP-választáson indulni kívánó pártok és listáik megfelelnek-e a választási törvényben előírt feltételeknek. Az NVB sorsolta ki az EP-listák szavazólapi sorrendjét is, megszámlálja a külképviseleteken, valamint a levélben leadott szavazatokat, és megállapítja az EP-választás eredményét.
Emellett az NVB dönt minden olyan kifogásról, amely nem tartozik a helyi vagy területi választási bizottság hatáskörébe és az elkövetés helye nem határozható meg, továbbá a területi választási bizottság döntése elleni fellebbezésről, és az országos, lineáris médiaszolgáltatás és az országosan terjesztett sajtótermékek, illetve a filmszínházak választási kampányban való részvételével kapcsolatos kifogásról.
A területi választási bizottság másodfokú határozata ellen, valamint az NVB határozata ellen benyújtott bírósági felülvizsgálati kérelmeket a Kúria bírálja el. A kérelem tárgyában a legfelsőbb bírói testület három napon belül dönt, kivételes esetekben az Alkotmánybírósághoz is lehet fordulni, alkotmányjogi panasszal.