A világhírű lengyel csillagász a feljegyzések szerint a templomban hunyt el 1543. május 24-én, koponyájára és más csontjaira azonban csak 2005 nyarán bukkantak rá lengyel régészek a dómban folyó ásatásokon.
A felfedezés nagy sikernek számított, hiszen lengyel, francia és német kutatók már két évszázada keresték a sírhelyet. Később a lelet eredetiségét DNS-analízis és a koponya alapján rekonstruált arcképek is igazolták.
Kopernikusz kanonokként szolgált a warmiai egyházmegye káptalanjában, s a XVI. század elején a székesegyház tornyában berendezett csillagvizsgálójában dolgozta ki a tudománytörténeti jelentőségű heliocentrikus - Nap-központú - világképet.
A tudós maradványait a katedrális egyik oltára alatt fogják elhelyezni; a nyughelyet hatalmas, kéttonnás feketegránit síremlék jelzi majd, melynek kidolgozása már januárban megkezdődik. A temetésre a warmiai káptalan fennállásának 750. évfordulóján kerül sor, Kopernikusz halála után szinte napra pontosan 467 évvel.