A Massachusetts állambeli Martha's Vineyardban érte a halál, még karácsony előtt. Nyolcvanegy éves volt. Halálhírét szombaton közölte a Harvard egyetem, ahol 58 éven át, 2007-ig oktatott.
Tizenhét könyv és 90 tudományos cikk szerzőjeként, illetve társszerzőjeként foglalkozott többek között az amerikai politikával, a demokratizálódás problémájával, katonapolitikai kérdésekkel, politikai stratégiával, sőt fejlesztéspolitikával is.
A civilizációk összecsapása és a világrend átalakulása című, 1996-ban megjelent munkája világsiker lett. A könyvben kifejtett elmélete szerint a hidegháború lezárultával nem elsősorban államok között várható konfliktusok kitörése, hanem a nagy civilizációk közötti vallási-kulturális különbözőségek vezethetnek összeütközéshez.