A csoportelsőket csoportharmadikokkal, a másodikokat a Bajnokok Ligájából érkező együttesekkel sorsolták össze.
Nemcsak a legjobb 32, hanem a legjobb 16 párosítását is meghatározták. Az egymáshoz közel helyezett párharcok győztesei játszanak egymással a nyolcaddöntőben.
A párharcok:
Zulte Waregem (belga) - Newcastle United (angol)
Fenerbahce (török) - Alkmaar (holland)
Sporting Braga (portugál) - AC Parma (olasz)
Feyenoord (holland) - Tottenham Hotspurs (angol)
Lens (francia) - Panathinaikosz (görög)
Bayer Leverkusen (német) - Blackburn Rovers (angol)
Hapoel Tel-Aviv (izraeli) - Rangers FC (skót)
Girondins Bordeaux (francia) - Osasuna Pamplona (spanyol)
CSZKA Moszkva (orosz) - Maccabi Haifa (izraeli)
Livorno (olasz) - RCD Espanol (spanyol)
AEK Athén (görög) - PSG (francia)
Benfica (portugál) - Dinamo Bukarest (román)
Szpartak Moszkva (orosz) - Celta Vigo (spanyol)
Werder Bremen (német) - Ajax Amszterdam (holland)
Steaua Bukarest (román) - Sevilla FC (spanyol)
Sahtar Donyeck (ukrán) - Nancy (francia)