E-csoport: nem bántották egymást
Az E csoportban mindkét találkozó döntetlenre végződött, pedig a Dinamo Kijev "elkaphatta volna" a tartalékosan kiálló Real Madridot.
Az ukrán gárda az üzbég válogatott Makszim Sackih két gyors góljával hamar megnyugtató előnyhöz jutott, s úgy tűnt le is győzi a nem túlságosan motivált spanyol legénységet. Ám a találkozó utolsó öt percében Ronaldo egy akció- és egy tizenegyes-góllal kiegyenlített.
Lyonban a Steaua meglepetésre Dica révén vezetést szerzett, de a világbajnoki ezüstérmes Alou Diarra néhány perccel később kiegyenlített. Utána már nem nagyon bántották egymást a csapatok.
F-csoport: a Vörös Ördögök pokolra küldték a Benficát
Az F csoportban a Benfica Nélson fantasztikus góljával a 27. perctől vezetett az Old Traffordon, ám az első félidő utolsó percében a szerb Nemanja Vidics ki tudott egyenlíteni. Alkalmasint ez volt a találkozó kulcspillanata: a második félidőben a "Vörös Ördögök", Giggs és Saha révén fejeltek még két további gólt. Az angolok ezzel visszavágtak a portugáloknak, akik tavaly szégyenszemre kiejtették őket a sorozatból.
A másik találkozón meglepetés született: a csoportból időben elsőként továbbjutó Celtic harmadik idegenbeli mérkőzésén is három gólt kapott. A Köbenhavn nyert, de ennek ellenére kiesett.
G-csoport: szalonremi Portóban
A G csoportban a CSZKA Moszkva csak önmagát okolhatja, hogy nem jutott tovább. Az oroszok kétszer is vezettek Hamburgban, 2-1-nél, Atouba kiállítása után, emberelőnybe is kerültek, mégis kikaptak. Van der Vaart, majd Sanogo góljával megszületett a HSV második győzelme (a bajnoki és a BL-mérkőzéseket tekintve) 2006 őszén. E találkozó alakulása folytán mindegy volt, hogyan végez egymással a Porto és az Arsenal: a portugálok közelebb álltak a győzelemhez, de nem esett gól a találkozón.
H-csoport: pocsék ősz és továbbjutás
A H csoportban a Milan modernkori története egyik legpocsékabb őszét produkálva is csoportelsőként lépett tovább. Carlo Ancelotti erősen tartalékos csapata kikapott a francia Lille-től, amelyet így "magával vitt" a legjobb 16 közé. A másik mérkőzésen az AEK Athén 0-2-ről egyenlített az Anderlecht ellen Brüsszelben, de ez, a Lille győzelme után, kevés volt a továbbjutáshoz. Juhász Roland és Tőzsér Dániel is játszott a találkozón.
A csoportok első két helyezettje jutott - a Chelsea, a Barcelona, a Bayern, az Inter, a Liverpool, a PSV, a Valencia és az AS Roma mellé - a nyolcaddöntőbe. A csoportok harmadik helyezettjei az UEFA-kupába kerültek, a negyedikek befejezték e szezonra nemzetközi kupaszereplésüket.