Molnár Sándor 1936. január 19-én született a Borsod megyei Sajóládon. 1955-61 között végezte el a Képzőművészeti Főiskolát Budapesten.
1958-ban vezetésével létrejött a szellemi és művészeti kérdésekkel foglalkozó, progresszív képzőművészeket tömörítő csoport, az úgynevezett Zuglói Kör, amely közel tíz éven át működött, szellemi otthont nyújtva a haladó szellemiségű művészeknek.
1962-ben megismerkedett Hamvas Béla filozófussal, a vele kialakult mester-tanítványi viszony volt életének egyik legmeghatározóbb kapcsolata.
1966-ban megszületett a festőjóga elmélete. A tradicionális világnézetből, filozófiákból táplálkozó elmélet az öt elem fázisára bomlik: a föld elem az anyagi világ félig-meddig figuratív ábrázolása; a víz elem az érzelmek kavargó örvénylése; a tűz elem a tomboló szenvedélyek lángolása; a kristály elem a szellem szilárd, geometrikus világa; és végül az üresség - vagy levegő elem - a kitisztuló, lecsillapodó visszahúzódás, a visszavezető út Istenhez. Erre a művészetfilozófiai keretrendszerre építette fel munkásságát, minden korszaknak körülbelül egy évtizednyi időt szánva.
1965-ben Párizsban megismerkedett Jean Bazaine-nel és a tradicionális fiatal francia festők csoportjával, majd 1982-ben Claude Viallat-val és a Supports/Surfaces csoporttal.
Molnár Sándor 1986-ban vendégtanár volt a nimes-i Képzőművészeti Főiskolán. 1990-2005-ig a Magyar Képzőművészeti Egyetem tanára volt. 1992-ben megkapta a Munkácsy-díjat, 2005-ben pedig a Kossuth-díjat. 1993-tól a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémia tagja.