A 80 esztendős, több mint három éve hatalmon lévő Thabanétól az őt ért vádak miatt saját pártja és a koalícióban lévő többi politikai erő is megvonta támogatását, és erőteljes nyomást gyakoroltak rá, hogy önként váljon meg tisztségétől. Thabane azonban mindvégig ellenállt. Ügye a koalíció széthullásához vezetett, miután kiderült, hogy nincs már kellő parlamenti támogatottsága az ország további irányításához.
A belpolitikai válság megoldásában dél-afrikai diplomaták próbáltak közvetíteni az egymással szembenálló felek között. Időközben Thabanénak még voltak "próbálkozásai", katonákat és páncélozott járműveket vezényelt ki a főváros, Maseru utcáira, hogy rendet tegyen "az állam irányítása alól kicsúszott elemek" között. A dél-afrikai delegáció megérkezését követően a katonák visszatértek a kaszárnyákba.
A lesothói kormány dél-afrikai közvetítőkkel és a helyi politikai pártokkal április 20-én megállapodott arról, hogy biztosítják Thomas Thabane "méltóságteljes visszavonulását". A miniszterelnök részben engedni próbált, eredetileg azt tervezte, hogy idős korára hivatkozva csak július végén mond le. Egy héttel ezelőtt azonban a parlament szóvivője bejelentette, hogy Thanabénak sokkal előbb, május 22-ig kell távoznia kell hivatalából. A koalíciós kormány eddigi parlamenti többségét biztosító négy párt ideiglenesen megegyezett abban, hogy a pénzügyminiszter, Moeketsi Majoro váltja Thanabét a kormányfői poszton. Thabane ezután már nem ellenkezett, hétfőn bejelentette távozását.
A miniszterelnök volt feleségét, az 58 éves Lipolelo Thabanét 2017 nyarán, két nappal Thomas Thabane beiktatása előtt lőtték agyon Maseruban. A gyilkosság miatt február elején a miniszterelnök mostani felesége, Maesaiah Thabane ellen is már vádat emeltek azzal a gyanúval, hogy nyolc bérgyilkost bízott meg a kormányfő volt feleségének meggyilkolásával. Az asszonyt óvadék ellenében szabadlábra helyezték. Thomas és Maesaiah Thabane tagadta a vádakat.