A France 3 tévéállomás és a Le Parisien című lap a gép adattovábbító rendszere (ACARS) által rögzített adatokra hivatkozva jelentette, hogy az egyiptomi gépnek "vissza kellett fordulnia, és kényszerleszállást kellett végrehajtania legalább háromszor a lezuhanás előtti napon".
A tragédiát megelőzően, május 18-án és 19-én az egyiptomi gép összesen hat járaton repült Kairó, illetve az eritreai Aszmara, Tunisz és Párizs között, és ebből három alkalommal a gép riasztórendszere indulás után műszaki hibát jelzett: a mosdó és a fedélzet füstjelzői adtak le riasztást. Minden visszafordulás után a gépet átvizsgálták, és mindent rendben találtak.
A Le Parisien úgy tudja, hogy a mosdó és a fedélzet füstjelzői adtak le riasztásokat, de a lap nem tesz említést arról, hogy emiatt kényszerleszállásokat is végre kellett hajtani.
Az EgyptAir Párizsból Kairóba tartó MS804-es járata 66 emberrel a fedélzetén május 19-én tűnt el a Földközi-tenger felett, körülbelül 35 perccel a tervezet leszállás előtt, épphogy belépve az egyiptomi légtérbe. Azóta csak néhány sodródó roncsdarabot, illetve emberi testrészt találtak a tengerben a görög Kárpathosz sziget közelében, a géptest nem lett meg.
Egy francia hadihajó szerdán olyan jeleket észlelt, amelyeket feltehetően a repülőgép két feketedobozának egyike ad le.
Az ACARS (Aircraft Communications Addressing and Reporting System) a repülés alatt folyamatosan küld adatokat a légi irányításnak a gép rendszereinek működéséről, esetleges meghibásodásáról.
A légi közlekedési baleseteket kivizsgáló francia hivatal (BEA) korábban megerősítette a légi közlekedéssel foglalkozó Aviation Herald című honlap értesülését, hogy a katasztrófával végződött út idején az egyiptomi gépen az ACARS rendszer három perc leforgása alatt hét vészjelzést küldött. Az egyik a mosdóból, egy másik a pilótafülke alatt található elektronikai blokkból, egy harmadik pedig a robotpilóta-egységből áradó füstről szólt. Miközben ezek tűzre utalnak, a viszonylag rövid adatsor nem árul el semmit arról, hogyan reagáltak erre a pilóták.
Szakértők szerint a műszerek téves füstjelzése miatt a pilóták akár maguk is előidézhették az egyiptomi utasszállító katasztrófáját, kiiktatva a biztonság szempontjából fontos rendszereket, például a robotpilótát, de hogy valójában mi vezetett a tragédiához, arra csak a feketedobozok által rögzített adatok elemzése adhat ésszerű magyarázatot.