A 2009-ben hatályba lépett Lisszaboni Szerződés alaposan megváltoztatta ennek szabályait. Lisszabon előtt, a Nizzai Szerződés értelmében az Európai Unió állam- és kormányfőit tömörítő Európai Tanács minősített többséggel, de teljes mértékben saját hatáskörben döntött arról, hogy kit jelöl, a jelölést az EP-nek is jóvá kellett hagynia. Ezt követően a tagállamokat tömörítő tanács, szintén minősített többséggel elfogadta a biztosi testület névsorát, amelynek egészéről ismét megerősítő szavazást tartottak az EP-ben, majd a tagállamok, vagyis a Tanács minősített többséggel kinevezték a testületet és annak elnökét.
A Lisszaboni Szerződés ezzel szemben a döntés jogát a közvetlenül választott Európai Parlament kezébe helyezi, és az Európai Tanács kezét is jobban megköti a jelöltállításnál. A 2009-ben hatályba lépett új uniós szerződés értelmében a jelölt kiválasztásához továbbra is minősített többség kell, ám a dokumentum azt is kimondja, hogy az állam- és kormányfőknek a jelölt kiválasztásánál figyelembe kell venniük az EP-választás eredményét. Sem többet, sem kevesebbet nem tartalmaz a szerződés. Ennek célja egyrészt az volt, hogy döntéshozatal átláthatóságát növelje, másrészt az, hogy közelebb hozza a választópolgárokhoz az uniós intézményeket azáltal, hogy voksukkal abba is beleszólást nyernek, ki vezesse a következő öt évben a brüsszeli testületet, amely őrködik az uniós jog betartása fölött, továbbá az egyetlen olyan uniós intézmény, amely javaslatot tehet uniós jogalkotásra.
Az európai szintű pártcsoportok úgy értelmezték ezt a passzust, hogy a bizottság következő elnökét a győztes pártnak kell adnia, ezért öt párt meg is nevezte a maga "csúcsjelöltjét". Az Európai Szocialisták Pártja Martin Schulzot, az EP jelenlegi elnökét nevezte meg. Az Európai Néppárt Jean-Claude Juncker egykori luxemburgi miniszterelnököt választotta. Az európai liberálisok Guy Verhofstadt volt belga kormányfőt állították versenybe. A zöldek - ahol komoly hagyományai vannak a társelnökségnek - a francia globalizációellenes aktivistát és gazdálkodót, José Bovét és a német Ska Kellert nevezték meg jelöltként. A radikális baloldal pedig a görög mentőcsomag és a megszorítások esküdt ellenségét, Alexisz Cipraszt választotta. A nagyobb pártok abban is megegyeztek, hogy a bizottság következő elnökének a csúcsjelöltek közül kell kikerülnie, és azt kell jelölni, aki képes maga mögé állítani a megválasztásához szükséges többséget az Európai Parlamentben.
Mindez logikusnak is tűnik, ám ez a folyamat sehol sincs így leírva, kodifikálva. A jelöltállítást a szerződés egyértelműen az Európai Tanács feladatául szabja, a pártok viszont, úgy tűnik, megállapodásukkal - a választásokon szerzett demokratikus felhatalmazásra hivatkozva - kész tények elé szeretnék állítani az állam- és kormányfőket. Holott nekik csak "figyelembe kell venniük" a választások eredményét. Ennyit mond ki a szerződés.
Az állam- és kormányfők már kedden összeülnek Brüsszelben, hogy nem hivatalos vacsorán vitassák meg a hét végi választás eredményét, ám azt Herman Van Rompuy, az Európai Tanács elnöke a múlt héten világossá tette: most még korai nevekről dönteni.
Tovább bonyolítja a folyamatot, hogy a bizottsági elnöki poszt egy személyi változásokat tartalmazó "csomag" része. Az új parlament és az új bizottsági elnök megválasztását követően az Európai Tanács és az Európai Külügyi Szolgálat élére is új ember kerül, a személyek kiválasztásában pedig az is szerepet játszik, hogy a jelölt melyik országból, Északról, Délről, esetleg a 2004 előtti tagállamból vagy a 2004 után csatlakozott tagországból származik, melyik párthoz tartozik és milyen nemű. A sokismeretlenes egyenlet első eleme akkor válik ismertté, amikor az EP megválasztja a bizottság elnökét, és éppen ezért ez a többi poszt elosztására is hatással lesz.