A 46-éves miniszter asszonyt 2003. szeptember 10-én, fényes nappal a svéd főváros egyik patinás áruháza előtt szúrta le egy szerb férfi.
A szerda esti emlékkoncerten fellépett többek között Loreen, a 2012-es Eurovíziós Dalfesztivál svéd győztese és Eva Dahlgren énekes. A koncert előtt a svéd politika képviselői mondtak beszédet. Carl Bildt külügyminiszter azt mondta: egy évtized után is pontosan emlékszik a "tragikus nap minden egyes percére".
2003-ban Svédország éppen referendum előtt állt. Az euróövezethez való csatlakozásról szavazhattak a választók szeptember 14-én. A svéd köztelevízió egy szerdán sugárzott dokumentumfilmje szerint a népszavazással kapcsolatosan Lindh tévés panelbeszélgetésen vett volna részt, s erre készülve egy blézert akart venni, ezért tért be barátnőjével az NK áruházba.
Az áruház előtt azonban egy férfi útját állta, és egy késsel többször megszúrta a kétgyermekes politikust. Anna Lindh másnap, szeptember 11-én a Karolinska korházban belehalt sérüléseibe.
A gyilkosság sokkolta Svédországot, s felidézte az Olof Palme miniszterelnök ellen elkövetett 1986-os merényletet.
Az elkövető Mijailo Mijailovic, akit 2004. január 6-án fogtak el, elismerte bűnösségét. Mijailovicot életfogytig tartó börtönbüntetésre ítélte az elsőfokú bíróság, majd másodfokon pszichiátriai gyógykezelésre utalták, végül azonban a legfelsőbb bíróság börtönbe küldte.
Két éve Mijailovic azt nyilatkozta, hogy "a politikusok iránt érzett gyűlölete" vezérelte tettét, s véletlen volt, hogy meglátta a külügyminisztert a stockholmi áruház előtt.
Svédország első női külügyminisztereként Lindh az akkori, Göran Persson vezette szociáldemokrata kormány legfiatalabb tagja volt, és sokak szerint a kormányfőnél is nagyobb népszerűségnek örvendett. Számos kérdésben ellentét volt közöttük.
Visszaemlékezések szerint Lindh politikusként optimista szemléletű volt, úgy vélte, érdemes egy igazságos társadalomért civilizáltan küzdeni. Elítélte az erőszakot és határozottan a békét támogatta. Bejárta Afrikát, Dél-Amerikát és a Közel-keletet. Fellépett a harmadik világ szegénysége ellen. Az akkori európai helyzetben az ország euróövezethez való csatlakozását látta helyesnek, de határozottan ellenezte, hogy Svédország belépjen a NATO-ba.