Jan Kubis 2006 és 2009 között irányította a szlovák diplomáciát, majd az ENSZ Európai Gazdasági Bizottságának főtitkári teendőinek ellátásával bízták meg. A diplomata öt nyelven beszél.
A misszió (UNAMA) vezetőjét személyesen az ENSZ-főtitkár nevezi ki. A világszervezetnek nincsenek békefenntartói Afganisztánban. Missziójának tevékenysége főként az országban végbemenő politikai folyamatok figyelemmel kísérésére, a konfliktus polgári áldozatainak számon tartására szorítkozik. A misszióvezetői poszt ellátása a múltban olykor politikailag kényesnek bizonyult.
Két éve például az akkori misszióvezető, a norvég Kai Eide és helyettese, az amerikai Peter Galbraith komoly vitába keveredett egymással az afganisztáni elnökválasztás tisztaságának megítélése ügyében. Galbraith a hírek szerint határozottan fellépett a voksoláson történt szabálytalanságokkal és csalásokkal szemben, míg Eide ellenezte helyettesének erre irányuló megnyilvánulásait, és arra intette őt, hogy ne feszegesse ezt a témát. A választást a Nyugat szövetségese, a második elnöki mandátumért harcba szálló Hamid Karzai államfő nyerte meg.
Eide és Galbraith párharcának kimenetele pedig az lett, hogy a misszió helyettes vezetőjének kellett távoznia posztjáról. Galbraith ezt követően is azt hangoztatta, hogy az ENSZ tudott a választási csalásokról, de nem tárta fel azokat a világ előtt.