Habsburg Ottót gyászmenetben kísérték végső nyughelyére, amelynek élén az osztrák katonaság díszegysége haladt. Mögöttük a Stephansdomban bemutatott gyászmise mintegy ezer résztvevője követte a család fekete-sárga sávos, címeres zászlajával letakart koporsót: családtagok, volt és jelenlegi európai uralkodóházak tagjai, osztrák és külföldi állami vezetők és más politikusok, valamint lovagrendek és hagyományőrző egyesületek díszruhás, illetve történelmi egyenruhát viselő tagjai.
A gyászmise végén megszólalt a Stephansdom legnagyobb harangja, a híres Pumerin, amelynek hangját csak kivételes alkalmakkor és nagy egyházi ünnepeken hallhatják a bécsiek. A gyászmenet több ezer ember sorfala előtt indult a dóm előtti térről a Grabenen, majd a Kohlmarkton át a Hofburg felé. A két és fél kilométer hosszú útvonal az egykori császári palota udvarán át a forgalom elől ideiglenesen lezárt belvárosi körúton, a Ringstrassén folytatódik, majd az Operaház mögött kanyarodik vissza a Kapucinusok templomához.
A július 4-én a németországi Pöckingben elhunyt Habsburg Ottót és tavaly meghalt feleségét, Reginát a templom kriptájában helyezték örök nyugalomra. A kripta a XVII. század óta a Habsburgok fő temetkezési helye. Itt található Habsburg Ottó anyja, az 1989-ben Svájcban elhunyt Zita királyné sírja is. Ottó apját, az utolsó magyar királyt, IV. Károlyt (I. Károly osztrák császárt) Madeira szigetén temették el 1922-ben.
Az egykori trónörökös szívurnáját vasárnap helyezik el a Pannonhalmi Bencés Főapátságban. A szertartás előtt a budapesti Szent István Bazilikában tartanak gyászmisét.