A 75 éves volt tábornokot, akinek hatalmát amerikai katonai beavatkozás döntötte meg 1989-ben, 40 évi börtönre ítélték kábítószer-kereskedelem miatt 1992-ben az Egyesült Államokban, majd büntetését 30 évre enyhítették. Az ítélet kihirdetése után néhány héttel egy amerikai szövetségi bíró hadifogolynak minősítette.
Manuel Noriegát 1999 júliusában Párizsban távollétében elítélték drogkereskedelemből származó 3 millió dollár tisztára mosásának vádjával. Párizs később beleegyezett, hogy új bírósági eljárást folytat le ügyében, az amerikai kormány pedig támogatásáról biztosította az extábornok kiadatására vonatkozó francia kérést. Manuel Noriega jó magaviselete miatt 2007 szeptemberében már szabadulhatott volna az amerikai börtönből, de a francia kiadatási kérelem miatt nem nyerte vissza szabadságát.